בשעה שממשלת ישראל משלימה את פינוי הישובים ברצועת עזה עדיין לא נמצא הפיתרון ל-26 בתי כנסת שנמצאים ביישובים המפונים.
כזכור,
ב-14.8.2005 הגישו הרב ישי בר חן מהישוב אלי סיני ונח פיל פולברג מירושלים, עתירה לבג"צ בה ביקשו למנוע את הריסת בתי הכנסת בישובים המפונים ולהורות על ביטול סעיף 7 בהחלטת הממשלה מיום 6.6.2004 הקובע כי "ככלל, לא יושארו בתי מגורים של מתיישבים ומבנים רגישים, לרבות בתי כנסת".
בדיון שהתקיים יומיים לאחר מכן בפני השופטים אדמונד לוי, אליקים רובינשטיין ודורית ביניש, קיבל בית המשפט את הבקשה
למתן צו ביניים האוסר על כוחות הפינוי לפרק או להרוס את בתי הכנסת ביישובים המיועדים לפינוי והורה למדינה לבחון חלופות אפשריות להרס בתי הכנסת.
לאחר אורכה שניתנה למדינה למתן תשובתה התקיים היום (22.8.2005) הדיון בבג"צ.
במהלך הדיון הציגו העותרים חלופות שונות להרס בתי הכנסת. כך למשל הציגו מספר בתי כנסת שניתנים להעברה בשלמותם וציינו את הפריטים שניתנים לפירוק ולהעברה מבתי הכנסת על-מנת לשמרם.
בא כוחם של העותרים, עו"ד גלעד קורינאלדי, הגיש לבית המשפט חוות דעת רבות של רבנים שונים המתנגדים להריסת בתי הכנסת. בין הרבנים היו הרב עובדיה יוסף, הרב שלמה עמאר, הרב מרדכי אליהו, הרב אליהו בקשי דורון, הרב אברהם שפירא, הרב זלמן גולדברג, הרב שאול קצין ועוד.
בחוות דעת יוצאת דופן, אשר הקימה עליו את נציגי המדינה, יצא הרב עמאר נגד הריסת בתי הכנסת. "אפילו אם בתי הכנסת שוממים וחרבים, בקדושתם הם עומדים ואנו חייבים בכבודם", כותב הרב עמאר ומוסיף כי בתי הכנסת ממלאים בימים אלה את מקומו של בית המקדש.
ביקורת קשה מצד השופטים נמתחה על הרבנים ובעיקר על הרבנות הראשית. השופט אליקים רובינשטיין ציין כי יש לשאול מדוע גורמי הדת הממוסדים לא הביעו את דעתם עד עתה בעניין הריסת בתי הכנסת. השופטת דורית ביניש העירה כי במהלך פינוי היישובים והתנגדות התושבים שהתקבצו בבתי הכנסת היתה פגיעה בכבוד בית הכנסת.
בסיום הדיון הורה בג"צ למדינה שלא לבצע כל פעולה עד להחלטה בעתירה אשר תינתן בזמן הקרוב.