הרבנים שלמה עמאר ויונה מצגר, הרבנים הראשיים לישראל, נפגשו בשעות הצהריים (ה', 15.9.05) עם האפיפיור בנדיקטוס ה-16 לציון 40 שנה להצהרה ההיסטורית של הכס הקדוש, ה"נוסטרה אטטה", לפיה היהודים לא אחראים עוד לצליבת ישו.
הפגישה נמשכה כ-45 דקות. הרבנים הראשיים ביקשו מהאפיפיור לציין יותר בדרשותיו את הצורך לעצור את האנטישמיות. בנוסף, עידכנו הרבנים את הכס הקדוש בתוכנית ההינתקות ובהריסת בתי הכנסת בידי הפלשתינים, לאחר שאלה קיבלו את האחריות על שטחי הרצועה.
הרב מצגר אמר במסיבת עיתונאים לאחר הפגישה, כי "שני הצדדים חשו בנוח אחד עם השני. התשובות של האפיפיור היו ישירות". עם זאת, גורמי הוותיקן לא פירסמו כל מידע על הפגישה בין הצדדים.
הרבנים ביקשו מהאפיפיור לפרסם הצהרה כללית, בה הוא דוחה כל מקרה של אנטישמיות, טרור ופגיעה בבתי כנסת, ואף את הפגיעה בבתי הכנסת שבוצעה על-ידי הפלשתינים לאחר ההינתקות.
"מלחמת העולם השנייה החלה עם שריפת בתי כנסת. אחר כך הגיעו הכיבשנים - שריפת בני בני אדם", אמר מצגר. "אנחנו מפחדים מטרור והריסת בתי כנסת... תעבור למקומות נוספים בעולם. גם כנסיות ומסגדים יכולים להיות המטרה", הוא הוסיף.
