אגודת מורי הדרך בישראל מתכוונת לפנות לרשות הטבע והגנים ומינהל התעופה האזרחית, על-מנת למנוע את המשך טיסות מעל המצדה.
ביום שישי האחרון (7.4.06) ביצע מטוס קל (ססנה) נחיתת חירום על פסגת המצדה, בעקבות תקלה טכנית שהתגלתה במטוס. ארבעה נוסעים שהיו על סיפון המטוס נפצעו קל.
באגודות מורי הדרך מזהירים מסיכון חיי אדם בעקבות אישור הטיסות מעל אתר המצדה. כמו כן, מדווחים באגודה על תלונות של מבקרים באתר אשר מוטרדים מרעש המטוסים בזמן הביקור.
"הטיסות לא מאפשרות לקיים את הסיורים כראוי, תיירים ששילמו ממיטב כספם כדי להגיע לביקור בארץ ולמצדה מוטרדים לאורך כל הסיור מרעש המטוסים והמסוקים, אשר מטריד במיוחד לנוכח השקט של המדבר. הרעש פוגע בהדרכת התיירים על פסגת המצדה, ובאיכות הטיול שלהם באתר", אמר יו"ר אגודת מורי הדרך, יעקב מיטרני.
הטיסות למנחת מצדה חודשו בחודש מרס האחרון, לאחר שש שנים בהם בוטלו הטיסות בעקבות התפרצות אינתיפאדת אל-אקצה.