ג'ו אלון שימש כנספח האווירי של ישראל בארה"ב בתחילת שנות ה-70. ב-1 ליולי 1973 נרצח בירי צלף מרחוק בעת שישב במכוניו בפתח ביתו שבמדינת מרילנד. תיק החקירה של המשטרה המקומית נסגר מחוסר ראיות.
עם השנים ניתנו מספר הסברים שונים על מי רצח אותו ולמה. כך למשל, לפי מסמך חסוי של ה-FBI שנחשף ב-2007, עולה כי לדברי מקור פלשתיני, ג'ו אלון נרצח על-ידי ארגון "ספטמבר השחור".
בהמשך, הציע ההיסטוריון
אורי מילשטיין תיאוריה האומרת כי אלון, בתפקידו כסוכן "המוסד" תחת כיסוי של נספח אווירי בוושינגטון, נחשף לקנוניה ישראלית אמריקנית, שלא היה אמור להיחשף אליה ושהיה חשש שלא ינצור את לשונו אודותיה: "לאפשר למצרים לשקם כבודם באמצעות הישג צבאי מוגבל בסיני", במה ששלושה חודשים לאחר חיסולו נודעה כמלחמת יום הכיפורים, על-מנת לאפשר מהלך מדיני שיוביל להסכם שלום בין ישראל למצרים בתיווך אמריקני וכך יצמצם את המעורבות הסובייטית במזרח התיכון.
חוקר פרטי
בנותיו של ג'ו אלון, רחל אלון-מרגלית ויעל אלון-רוזנשטיין, הקדישו את חייהן למציאת הרוצח שרצח את אביהן. בשנים האחרונות שכרו את שירותיו של חוקר פרטי אמריקני שיברר מי רצח את אביהן. בספר שהוציאו לאחרונה בשם "מי רצח את ג'ו אלון" מופיע שם הרוצח והיכן ניתן למצוא אותו. בנוסף, הבנות מדגישות כי החוקר הפרטי מוכן לבוא לארץ ולהעיד בבדיקת פוליגרף על אמיתות ממצאיו.
עם השנים, קיבלו הבנות הרבה שיחות טלפון שדיברו איתן על הנושא. לאחרונה, לאחר הוצאת הספר, יעל העידה בתוכנית של
בן כספית בשם "הקשר הישראלי", כי היא קיבלה לביתה שיחת טלפון מאוד חריגה משיחות הטלפון האחרות שבה נאמר לה באנגלית: "מי שרצח את אבא שלך היו אנשי CIA, ואני מבקש שתפסיקי לחפש אחרי".
אותו אדם בטלפון ציין כי הרצח בוצע בהוראתם של אישים בכירים בממשל האמריקני ובהסכמתם של אישים במערכת הצבאית הישראלית שעודם בחיים ולכן שמם לא נכתב בכתבה.
העדות הזו של יעל אלון-רוזנשטיין אינה הוכחה מעבר לכל ספק. אך היא תואמת את התיאוריה שמציגים מספר אישים בכירים לשעבר במערכת הביטחונית של ישראל וההיסטוריון אורי מילשטיין, שלפיה ג'ו אלון נרצח כי הוא ידע על הסכם לא רשמי שהיה בין משה דיין וגולדה לבין
הנרי קיסינג'ר, לאפשר בכוונת מכוון לצבאות סוריה ומצרים לתקוף ראשונים את ישראל במלחמת יום הכיפורים.