לאחר כשלון המאמצים להגיע להסכמה בין תנועת החמאס ותנועת הפתח על הרכבת ממשלת איחוד לאומי, גובר המתח בין שתי התנועות ומתגברים החששות ששתי התנועות על סף מלחמת אזרחים בהיקף רחב. יש הטוענים שמלחמת האזרחים כבר התחילה והיא מתבטאת בהתנגשויות מזוינות בין המיליציות של שני הצדדים, רציחות הדדיות וחטיפות הדדיות, אם כי עדיין בממדים לא גדולים.
כמה סיבות הביאו לכישלון המו"מ ומאמצי התיווך בין שני הצדדים. הדעה הרווחת בישראל היא שהכישלון נובע מסירוב ההנהגה המדינית של החמאס בדמשק לקבל את תנאי הקווארטט (הכרה בישראל, קבלת ההסכמים הקיימים בין ישראל והפלשתינים ואי אלימות) ובעיקר התנאי של הכרה בישראל, ולו בניסוח לא ישיר. זה מתבטא בעיקר בסירוב החמאס לקבל את תוכנית השלום הערבית (התוכנית הסעודית) כאחד מקווי היסוד של ממשלת האיחוד הלאומי. יתכן שסיבה זו הינה רק תירוץ נוח לצדדים אבל הכישלון נבע במידה רבה מהפירוד ומשחקי הכוח הפנימיים בשתי התנועות.
בתנועת הפתח זוהי תופעה רבת שנים. הפתח מפוצל בין היו"ר הנבחר של הרשות הפלשתינית, אבו מאזן, גורמי פתח בתוך השטחים השואפים לרפורמה בתוך התנועה שתבטא את כוחם האמיתי וכועסים על אבו מאזן שאינו פועל לעריכתה, המשמרת הישנה של מנהיגות התנועה בפנים השואפת לשמור על מעמדה, ומנהיגות התנועה בחוץ, בראשותו של פארוק קדומי, שהתנגד להסכמי אוסלו מראשיתם. על אלה נוספים הגורמים החמושים למיניהם עם אג'נדות אישיות והשפעות חיצוניות הנובעות מתמיכה כספית של גורמים כמו חיזבאללה.
להבדיל מהמצב בפתח, הפיצול בחמאס הינו תופעה חדשה יחסית, בעיקר בעוצמה בה היא באה לידי ביטוי מאז ניצחון התנועה בבחירות למועצה המחוקקת בינואר 2006. מאז התגלעו פערים, בעיקר בין המרכיב האזרחי של התנועה בשטחים לבין ההנהגה המדינית בדמשק בראשותו של חאלד משעל. הנהגה זו חוברת למרכיב הצבאי של החמאס בשטחים (גדודי עז א-דין אל-קסאם) ויש לה יכולת להכתיב את מדיניות הפיגועים של הארגון. הפערים נובעים מנקודת השקפה שונה של המרכיב האזרחי אשר שולט עתה בממשלה הפלשתינית וצריך לדאוג לאוכלוסיה ולעמוד בציפיותיה ושל ההנהגה המדינית בדמשק שקל לה יותר להיות נאמנה לעמדות המדיניות המסורתיות של החמאס ולאידיאולוגיה שלו.
אולם במקרה זה מסתתר מאחורי הוויכוח גם, ואולי בעיקר, מאבק כוח פוליטי. ההנהגה הפוליטית בדמשק חוששת שמא תידחק מעמדת המנהיגות שלה ע"י ההנהגה הפוליטית בשטחים הנהנית מיתרונות רבים בעקבות ניצחונה בבחירות והרכבת הממשלה. אנשי החוץ משתמשים, אפוא, במנופים שברשותם -- יכולתם לטעון לטוהר אידיאולוגי ושליטתם בזרוע הצבאי - כדי להכשיל ניסיונות של אנשי ה"פנים" להיות בעלי הבית.
גם מדיניותה של ארה"ב לא סייעה להצלחת הדיאלוג הלאומי הפלשתיני. בביקורו האחרון של אבו מאזן בווושינגטון הבהירה לו מזכירת המדינה כי ארה"ב לא תקבל ניסוחים עקיפים של ההכרה בישראל. נוכח עמדה זו לא היה טעם מבחינתו של החמאס להמשיך ולדון בנוסחאות פשרה שונות בינו לבין אבו מאזן בסעיף ההכרה. הארגון אינו מסוגל בשלב זה של התפתחותו לעשות שינוי כה רדיקלי בעמדותיו.
בעקבות כישלון השיחות נערכים שני הצדדים לקראת עימות צבאי מכריע. ההאצה בהברחות נשק לרצועה דרך המנהרות בגבול מצרים אינה נובעת רק מהרצון להיערך טוב יותר מול ישראל נוכח לקחי המלחמה בלבנון, אלא גם מרצון המיליציות השונות להיערך טוב יותר לקראת העימות הפנימי הצפוי. בחמאס מתגברת ההערכה כי אבו מאזן ופתח מתכננים "פוטש" נגד הממשלה הפלשתינית הלגיטימית בסיוען של ארה"ב וישראל. הם רואים בחיזוק ותגבור המשמר הנשיאותי של אבו מאזן בעזה מאמץ שלו להקים כוח צבאי שיוכל להכריע אותם בסיוע גורמי הכוח בפתח, התומכים בהפיכה כזאת. במסגרת זו הם גם רואים את הרעיונות ששוקל אבו מאזן: לפזר את הממשלה ולהקים ממשלת טכנוקרטים, או לקיים משאל עם על בחירות חדשות. אלה שני צעדים שיש ספק לגבי חוקיותם לפי החוקה הפלשתינית.
אם אכן יגיעו שני הצדדים לעימות ישיר ונרחב, אזי סביר מאוד כי החמאס, שכוחותיו מאורגנים וממושמעים יותר, יצליח לגבור על הפתח בעזה, ואילו באיו"ש, שבה צה"ל פועל למניעת התארגנות ופעולה של קבוצות חמושות, לפתח יש יתרון ברור למרות פיצולו. זה עשוי ליצור מצב שבו השטחים הפלשתינים יפוצלו בין שתי סמי-מדינות בשלטון שונה. מצב זה הוא התגשמות חלום בלהות מבחינת פלשתינים רבים.
יתכן עדיין שהיערכות שני הצדדים לקראת עימות מלא אינה אלא אלמנט במשחק מורכב שמטרתו בסופו של דבר להביא להסכמה לאומית ולהרכבת ממשלת איחוד לאומי אבל על בסיס פלטפורמה שקרובה יותר לעמדותיהם ועם שליטה שלהם בממשלה החדשה. הרתיעה בצבור הפלשתיני מפני מלחמת אזרחים חזקה מאוד ושני הצדדים יכולים לצאת ממנה מפסידים.
ולבסוף, מבחינתה של ישראל, האפשרות של הידרדרות השטחים למלחמת אזרחים אינה בהכרח מבשרת טובות. לכאורה, מצב שבו הקבוצות הפלשתיניות החמושות פוגעות זו בזו ומחלישות אחת את השנייה טוב לישראל. אפשר גם לטעון שאם בסופו של דבר יתייצבו שתי ממשלות, ממשלת פתח באיו"ש וממשלת חמאס ברצועת עזה, זה ייצור מצב נוח לישראל. בפועל ספק אם זה יהיה המצב. בשטחים מתקיים תהליך מתמשך של הרס השלטון ואנרכיה מתגברת.
מלחמת אזרחים רק תגביר את האנרכיה ותחליש את השלטון. שתי הממשלות שעשויות להיות התוצר של ההתנגשות תהיינה חלשות, והדרך הנוחה ביותר לכל אחת מהן להחליש עוד יותר את השנייה תהיה ע"י ייזום פעולות נגד ישראל משטחה. משמעות הדבר היא שישראל תתרחק עוד יותר מהאפשרות של גיבוש פרטנר פלשתיני. בראייה זו אפשר לטעון שעדיף פרטנר שהוא אויב על מצב של אנרכיה והעדר כל כתובת.
