מצוקת האשפוז בבתי החולים נובעת לא רק ממחסור בתקציבים, אלא גם מהתנהלות לקויה של משרד הבריאות - קובע (יום ב', 8.5.19) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

בשנים 2017-2014 הגישו בתי החולים למשרד הבריאות 109 בקשות לפתיחת יחידות - המשרד אישר 84 מהן; שמונה בקשות לפתיחת מחלקות - לא אושרה אף אחת; 29 בקשות להמרת יחידות - המשרד אישר 26 מהן; וכן הוגשו 18 בקשות לתוספת מיטות או עמדות - והוא אישר רק אחת מהן. בספטמבר 2014 החליטה הממשלה על הקמת בית חולים נוסף בבאר שבע, אך מאז לא נעשה כמעט דבר כדי לקדם את הקמתו; האחריות לכך מוטלת על משרדי האוצר והבריאות.

התהליך של מתן אישור לפתיחת מחלקות ויחידות אינו פרי תכנון ארוך טווח, והגדלת מחלקות קיימות נעשית ללא בחינת מכלול השיקולים. תוכניות המשרד לתוספת המיטות לטווח הארוך, עד 2035, אינן שלמות - לא נקבעו בהן מאפייני המיטות: סוגי המיטות לפי המחלקות שיידרשו ופיזורן הגאוגרפי. גם לא נקבעו יעדים ומספר המיטות ל-1,000 נפש, שיעור התפוסה הרצוי בבתי החולים וזמן השהייה הממוצע בהם.

משרד הבריאות לא גיבש תוכנית רב-שנתית בדבר צורכי כוח האדם הרפואי והסיעודי העתידיים בכל תחום התמחות, על-פי הפיזור הגאוגרפי, ועל-פי מקומות ההתמחות שהוא מתעתד להוסיף בכל תחום ובכל בית חולים. ארבע שנים לאחר שהממשלה הטילה עליו להכין תוכנית להיערכות להזדקנות האוכלוסייה, אין תוכנית כזאת.

בדרך כלל מעורבותו של המשרד היא תגובתית בלבד: הוא מסתפק בדיון בבקשות הנקודתיות של מנהלי בתי החולים, אשר מועלות על-פי צרכים פנימיים שלהם, ואינו יוזם דיון אסטרטגי בעניין הצורך בהקמה של יחידות או מחלקות, זאת, גם כשידוע לו שבבתי חולים מסוימים חסרות יחידות שחובה על בית החולים להפעילן. ההחלטות מתועדות בצורה תמציתית ביותר, ולא ניתן לדעת אלו שיקולים הובאו בחשבון והאם הן תואמות את תוכניותיו של המשרד.

שפירא מצביע על שני אישורים שנתן משרד הבריאות לבית החולים שערי צדק [הנחשב לבית חולים דתי ואף חרדי - א.ל] ואשר מעוררים תמיהות. בנובמבר 2015 אישר המשרד את הבקשה לפתוח מחלקה נוירוכירורגית, למרות שהייתה זו המחלקה העשירית בארץ - והמספר המירבי הקבוע בתקנות הוא תשע. המסמכים המתעדים החלטה זו דלים בהסברים ולא מציגים כראוי את הנסיבות המצדיקות את הקמת המחלקה, במיוחד לנוכח העובדה שקיימת מחלקה דומה בבית החולים הדסה - 6 ק"מ משערי צדק.

ואילו בינואר 2016 אישר משרד הבריאות את בקשת שערי צדק להקים מכון לרדיותרפיה (טיפול בקרינה). אין מסמכים שניתן ללמוד מהם האם בעת אישור הבקשה הובאו בחשבון אמות המידה שנקבעו בתקנות, והאם הובאו בחשבון שיקולים רלוונטיים נוספים: ההשפעה על המחלקה לרדיותרפיה שכבר פועלת בהדסה ובחינת עיבוי המחלקה הקיימת שם; ההשלכות של ההוצאות לתפעול המכון על ההוצאה הלאומית לבריאות; זמינות כוח אדם מקצועי להקמתו של המכון ולהפעלתו; וההשלכות של פתיחת המכון על מקצוע הרדיותרפיה, שכבר שרוי במצוקה.

המשרד לא השלים תהליך שהחל בו בשנת 2016 להקטנת הפערים בין מספר המיטות בפועל בבתי החולים ובין מספר המיטות שעל בתי החולים להפעיל על-פי רשיונות ההפעלה שלהם. סך המיטות במחלקות בכל בתי החולים הכלליים לפי רישיונותיהם, ללא מיטות במחלקות יולדות, הסתכם ב-14,000.

בשנת 2017, במחלקות שהיה בהן עודף מיטות בכלל בתי החולים (בעיקר פנימיות וכירורגיה כללית) היו בפועל 1,400 מיטות יותר מהרשום ברישיונות בתי החולים, ובמרכז רפואי גדול אחד אף נמצא פער של 40% (כ-400 מיטות שהפעיל המרכז הרפואי מעבר למותר ברישיונו). במקביל, במחלקות בכלל בתי החולים שבהן מספר המיטות בפועל היה קטן מהאמור ברישיונות שלהם (בעיקר בפריפריה ובמחלקות מסוימות, בהן עיניים, ילדים ונשים) היה הפרש של 2,050 בין הרשום ברישיונות ובין מספר המיטות בפועל.