בתום חמש שעות של דיונים וויכוחים, הממשלה הצביעה מעט אחרי חצות (יום א', 31.1.21) על הארכת הסגר בארבעה ימים בלבד, עד יום שישי בשעה 7 בבוקר. משרד הבריאות וראש הממשלה בנימין נתניהו רצו להאריך את הסגר בשבוע עד ליום ראשון, אך כחול לבן התעקשה שהסגר יוארך רק עד ליום רביעי בחצות הלילה. בסופו של דבר הוחלט להאריך עד יום שישי, כשביום רביעי הממשלה תתכנס שוב.

לצד המחלוקות, השרים הסכימו על כך שמערכת החינוך תיפתח חלקית ביום ראשון, כשההחלטה אם מדובר בגנים בלבד או גם בכיתות הנמוכות תיקבע בישיבת ממשלה נוספת. השרים הצביעו גם על הנושאים שלא הייתה עליהם מחלוקת: חובת בידוד במלונית על השבים מחו"ל, המשך סגירת נתב"ג עד 7 בפברואר ואת פעילות ועדת החריגים למעוניינים לטוס.

בוועדת החריגים בראשות השר יובל שטייניץ יהיו שני נציגים מכל אחד ממשרדי הפנים, החוץ, הבריאות והתחבורה. וכן נציג אחד ממשרד המשפטים וממשרד התפוצות והקליטה. פעילות הוועדה צפויה להיות מעוגנת בחקיקה ראשית.

בדיון עלתה מחלוקת בין נתניהו וגנץ על מועד סיומו המדויק של הסגר. ראש הממשלה ביקש להמשיך בסגר עד ליום ראשון הבא ואילו גנץ הציע להמשיכו עד ליום חמישי. דרעי הציע פשרה, להאריך בשבוע ולהתכנס בימים הקרובים כדי להחליט אם לקצר. ברגע האחרון, לאחר שמועד פקיעת הסגר בחצות חלף, שרי הממשלה אישרו את הארכתו עד ליום שישי בבוקר.

ממונה הקורונה, פרופסור נחמן אש, אמר לשרים במהלך הדיון כי "המוטציה הבריטית מקשה עלינו לתת תחזית מדויקת להמשך". משרד הבריאות מסר לשרים את עמדתו כי התחלואה אינה נמוכה דיה לפי שעה כדי לפתוח את המשק ושהמערכת בעומס אדיר. פרופסור אש אף אמר לשרים כי "לבתי החולים מגיעים יותר ויותר צעירים, ייתכן שקצב הירידה בתחלואה נמצא בעצירה".

במהלך הדיון עלו הטונים כאשר שר הביטחון, בני גנץ, ביקש להציג מצגת על המחיר שגובה הסגר וסורב. ראש הממשלה, בנימין נתניהו, אמר: "בתוך שבוע נזריק כמיליון חיסונים נוספים. אם לא יהיו הפתעות נוספות נוכל לפתוח את הכלכלה ואת החינוך בהדרגה. היום נדון בהארכת הסגר עד יום ראשון. אסור לעשות מההפרות והסגר פוליטיקה". נתניהו גם התייחס להלוויה ההמונית שהתקיימה קודם לכן בירושלים ואמר: "צריך לשמור על ההנחיות ללא הבדל בין מגזרים וללא פוליטיקה".

שר הביטחון בני גנץ ציין בדיון כי לסגר יש מחיר: "המחיר הוא כלכלי, המחיר חברתי, אבל הוא גם מחיר בריאותי. אנחנו לא יכולים להמשיך עם הסגרים האלה למשך זמן רב". קודם לכן בישיבת שרי כחול לבן אמר גנץ: "נסעתי ברחובות בבני ברק, בירושלים וברמת גן, ראיתי שהכול פתוח. לא צריכים לעבוד על עצמנו - צריך להיערך ולפתוח".

המל"ל הציג לשרים לקראת הישיבה נתונים ולפיהם ישנה התייצבות במספר החולים שבמצב קשה ואין ירידה משמעותית עד כה. בנוסף לכך, מהנתונים עלה שישנה עלייה במספר מקרי המוות – 54 מדי יום בממוצע בשבוע החולף, לעומת 52 בשבוע הקודם לו.

הממונה על המאבק בקורונה בחברה הערבית, איימן סייף, אמר בישיבה: "אנחנו רואים שיפור בנתונים של ההתחסנות במגזר הערבי, אם כי עדיין לא מספיק. יש צורך לתעדף את האוכלוסייה הערבית ולהגדיל את הנגישות ולהגביר את מאמצי ההסברה, בדגש על האוכלוסייה הבדואית בנגב".