המנהל האזרחי ביהודה ובשומרון יעלים עין ממקרים של הפרות חוקי הבנייה, אם מדינות אירופאיות יעמדו מאחורי המיזמים. המנהל גם ייתן עדיפות גבוהה למיזמי בנייה בשטח C ביו"ש, אשר גורמים אירופים יעמדו מאחוריהם. גורמים מדיניים וביטחוניים מסרו ל'מקור ראשון' כי ההחלטה על הסרת החסמים ומתן הקדימות העליונה לפרויקטים האירופאים התקבלה בעקבות מספר מקרים בהם המנהל הרס מספר מיזמי בנייה אירופאים שנבנו בלי לקבל את האישורים הנחוצים מהמנהל.
אכיפת החוק הולידה עימותים חריפים בין ישראל לאותן מדינות אירופאיות ובראשן גרמניה. לפחות במקרה אחד התערבה באופן אישי במתרחש מזכירת המדינה האמריקנית
הילרי קלינטון, שטלפנה לבכירים בישראל כדי לברר מדוע הסירה המנהל קולטי שמש סולאריים בהר חברון, שנועדו לרווחת התושבים הפלשתינים. בירושלים אמרו במשך חודשים כי כל עוד ישראל היא הריבון בשטח, על האירופאים לכבד זאת ולעמוד בכללי התכנון והבנייה שקבע המנהל. האירופאים האשימו את ישראל בהכשלה מכוונות של מיזמים אירופאים בשטחי C, ולפיכך חלק מן המדינות גיבו הפרות חוק של מבצעי הפרויקטים ומימנו מיזמי בנייה שלא קיבלו היתרים מהמנהל.
בעקבות העימותים התקיימה סדרת דיונים במערכת המדינית והביטחונית. בסופה, החליטו היועץ לביטחון לאומי יעקב עמידרור, מנכ"ל משרד החוץ רפי ברק וראש המנהל האזרחי האלוף איתן דנגוט, על שורת הקלות והנחות משמעותיות למיזמים האירופאים. השלושה סיכמו כי לנציגים האירופאים העוסקים בבנייה ביו"ש תהיה דלת פתוחה אצל דנגוט, כך שבכל מקרה בו פרויקט שיזמו לא קיבל את האישורים המבוקשים במהירות מספקת יוכלו לפנות אליו ישירות, בלי תיווך הדרגים המדיניים, כפי שהיה עד כה. שנית, סוכם שהמיזמים האירופים יקודמו לראש סדר העדיפויות של דרגי הביצוע במנהל ובמשרדי הממשלה הרלוונטיים, כך שתגובה ראשונית על אישור הפרויקט או דחייתו תינתן בתוך 45 יום, ולא תימשך חודשים. שלישית, מערכת האכיפה הונחתה שלא לבצע צווי הריסה של פרויקטים אירופאים בלי לקבל את אישור הדרג המדיני.
ישראל אומנם הבהירה לאירופאים כי היא שומרת לעצמה את הזכות לבצע צווי הריסה במקרים של הפרת חוק. ואולם, המקורות אישרו כי בפועל לא תהיה הריסה של מיזמי בנייה זרים, אלא אם כן הפרת החוק תהיה בוטה וקיצונית. לדבריהם, הרגישות המדינית של הנושא והנזק שנגרם לישראל בקרב ידידותיה, חשובים יותר מהרווח של יישום צווי ההריסה.
"מערכת האכיפה לוקחת בחשבון שהרעש שנוצר במערכת, למשל מול ידידה כמו גרמניה, בעקבות הריסת פאנל סולארי, עומד מול אינטרסים פוליטיים וביטחוניים של ישראל, ומול רגישות גדולה מאוד שיש באירופה לנושא", אמר אחד המקורות.
לפני חודש נחשף ב'מקור ראשון' כי מדינות אירופה, ארגונים לא ממשלתיים (NGO'S) אירופים וארגוני סיוע בינלאומיים, ביצעו בשנים האחרונות לפחות 200 פעולות בינוי לא חוקיות באזור Cשביהודה ושומרון. מדובר בהקמת מבני ציבור (בתי ספר ומסגדים), פריצות דרכים, הצבת מתקני חשמל סולאריים וטורבינות לייצור חשמל, בניית בריכות אגירה, פלישות לאדמות מדינה, אספקת אוהלים והקמת מבנים מבניה קלה.
לרוב, הפעולות הבלתי חוקיות נעשות על-ידי ארגונים לא ממשלתיים המתוקצבים על-ידי ממשלות אירופה, ואולם בחלק מן המקרים מדובר במיזמים ישירים של הממשלות. כל פעולות הבינוי מתרחשות בשטח C הנתון לשליטה מלאה ישראל, ללא תוכניות מתאר או על קרקעות מדינה או ללא קבלת אישורים, מהמנהל האזרחי ביו"ש. כל זאת, מעבר לשפע יוזמות בנייה ופיתוח באזוריA ו-B, בהם, על-פי הסכמי אוסלו, נתונות סמכויות התכנון והבנייה לרשות הפלשתינית.