בג"ץ אישר (יום ה', 15.11.12) את הסדר הטיעון עם
רכבת ישראל ובכיריה בפרשת התאונה בצומת בית יהושע, בה נהרגו חמישה בני אדם. השופטים
מרים נאור, דפנה ברק-ארז ו
יצחק עמית דחו את עתירתן של משפחות ההרוגים נגד ההסדר.
התאונה התרחשה ביוני 2006, כאשר יונתן ועדיה - אשר נהג תחת השפעת סמים - נתקע ברכבו על המסילה והרכבת התנגשה בו. ועדיה מואשם בחמש עבירות הריגה ובעבירות נוספות, איתו לא הושג הסדר טיעון ומשפטו עודנו מתנהל. כמו-כן, הואשמו שלושה מבכירי הרכבת דאז: המנכ"ל עופר לינצ'בסקי, סמנכ"ל חטיבת ההפעלה, הראל אבן; והממונה הארצי בתחום הדרכים והסדרי התנועה, יובל בלום. המדינה טענה, כי הללו והרכבת נהגו ברשלנות כאשר התעלמו מלקחי תאונות קודמות ולכן ייחסה להם גרם מוות ברשלנות וגרימת חבלה ברשלנות.
הסדר הטיעון קבע, כי לינצ'בסקי ואבן יימחקו מכתב האישום, בלום יורשע רק במעשה פזיזות ורשלנות ויידון לשל"צ, ואילו הרכבת תודה בעבירות של גרם מוות ברשלנות ובעבירה של חבלה ברשלנות ותיקנס בסכום גבוה פי חמישה מן המכסימום שנקבע בחוק. המדינה נימקה את הסדר הטיעון בקושי להוכיח את אשמתם של לינצ'יבסקי ואבן, לנוכח העובדה שנכנסו לתפקידיהם זמן קצר לפני התאונה ואינם אשמים במחדלים בני שנים רבות.
נאור קובעת, כי הסדר הטיעון אינו מצדיק את התערבות בג"ץ. ההחלטה התקבלה לאחר הליך מסודר ותוך שמיעת המשפחות, גם אם התנגדו להסדר, ובכך מצטמצם עוד יותר טווח התערבות הרשות השופטת. נאור אומרת, כי אנשים שונים בוחנים את אותן ראיות בצורות שונות, וגם אותו אדם עשוי לשנות את דעתו על הראיות - ואין בכך פגם.
ברק-ארז אומרת, כי היא מצטרפת בלב כבד לעמדה זו, שכן נוצר מצב בו רק הרכבת נושאת באחריות - ולא שום בשר ודם. "ביסודו המשפט הפלילי נועד לכוון התנהגויות של אנשים ולהפעיל הרתעה כלפיהם - הן במישור של הרתעת היחיד והן במישור של הרתעת הרבים. ייחוסה של אחריות פלילית לתאגיד לא בא, ככלל, לשלול את אחריותם הפלילית של אנשים בשר ודם שפעלו בגדרו. הסדר הטיעון שבפנינו מעורר את השאלה מה נותר בו מהיבט תכליות אלה של המשפט הפלילי", מוסיפה ברק-ארז.
ברק-ארז אומרת עוד: "אם כן, לשיטתי, הבעייתיות בהסדר הטיעון שהושג במקרה זה אינה נוגעת לפרטים אלא להיבט עקרוני יותר. עניינו של היבט זה אינו רק בשאלה איזו תועלת ציבורית מניבה בנסיבות העניין העמדתו לדין של התאגיד, אלא גם בשאלה אם היא אינה יוצרת מראית עין של מיצוי הדין לגבי מציאות שבה איש - במובן המקורי של המונח - לא נושא באחריות לעבירות של גרימת מוות ברשלנות שנעברו אף לשיטתה של הפרקליטות... מנקודת מבט זו, אני סבורה שעל הפרקליטות לבחון היטב, במקרים עתידיים, באיזו מידה העמדה לדין של תאגיד בלבד, להבדיל מהעמדה לדין של בעלי תפקידים בו, משרתת את תכליות המשפט הפלילי וכפועל יוצא מכך את האינטרס הציבורי".