משרד הביטחון לא קבע אלו קווי ייצור של התעשיות הביטחוניות חיוניים למדינה, קביעה שהיא חיונית לצורך השקעה בשימורם. זאת, למרות שכבר בשנת 2007 הוחלט שיש מקום לקביעה כזו, כחלק מלקחי מלחמת לבנון השנייה. כך אומר (יום ב', 29.12.14) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

בעקבות מלחמת לבנון השנייה וכחלק מהפקת הלקחים מהתנהלותה, מינה באוקטובר 2006 מנכ"ל משרד הביטחון דאז ועדה לבחינת ההיערכות להגברת עצמאות הפיתוח והייצור של אמל"ח, והיא הגישה את הדוח שלה במאי 2007. הוועדה מיפתה את קווי הייצור של פריטי אמל"ח עיקריים, בדגש על פריטים מתכלים, בתעשיות ביטחוניות עיקריות, את כמויות הייצור השנתיות המזעריות הנדרשות כדי לשמור על קווים פעילים, וכן בדקה את מלאי חומרי הגלם שנדרש לרכוש כדי לאפשר את הייצור בקווים.

לאורך השנים ועד לאוגוסט 2013 השתמש משרד הביטחון במושג "קווי ייצור חיוניים" ללא שהגדיר מהם, על-אף חיוניות ההגדרה לצורך קבלת החלטה על הקצאת משאבים כספיים לרכש אמל"ח ותחמושת מקווים אלו, כדי לשמר אותם פעילים. רק באוגוסט 2013, בדיון בנושא קווים חיוניים בתעש, הגדיר מנכ"ל המשרד, דן הראל, מהו קו ייצור חיוני.

מאוגוסט 2007 ועד מועד סיום הביקורת, אפריל 2014, לא טיפל משרד הביטחון, בשיתוף עם צה"ל, באופן שיטתי ועיתי ביישום רוב המסקנות בעניין קווי הייצור החיוניים. שני הגורמים גם לא ערכו עבודת מטה למיפוי קווי הייצור החיוניים בתעשיות הביטחוניות, לצורך קבלת החלטות בעניין היקף ההשקעה הנדרשת לשימורם ולפיתוחם בטווח הארוך.

לאורך השנים הגדירו המשרד וצה"ל את קווי התחמושת הכבדה בתעש כקווים חיוניים. אולם בדיון בספטמבר 2013 לא כלל הראל קווים אלו ברשימת הקווים החיוניים. הדבר אינו עולה בקנה אחד עם ההגדרה של קו חיוני כפי שקבע הראל עצמו באותו דיון ועם הצורך בשימור יכולות הייצור לטווח הארוך. במשרד הביטחון לא נמצאו סימוכין לסיבות לאי-ההכללה, למעט נימוק של "מצוקה תקציבית".

המבקר קובע, כי על מנכ"ל משרד הביטחון לקבוע גורם במשרד שיישא באחריות-על לנושא תשתיות הייצור החיוניות. מומלץ, כי גורם זה יבצע בהקדם עבודת מטה מקיפה שתוצאותיה והמלצותיה יוצגו לאישור המנכ"ל ושר הביטחון. זאת, לצורך קבלת ההחלטות המתחייבות בדבר ההשקעה הנדרשת בשימור כלל התשתיות הביטחוניות ופיתוחן, לרבות בצה"ל, כדי לשפר את מוכנות צה"ל ואת חוסנן הכלכלי של התעשיות הביטחוניות, ולשמור על יכולות "כחול לבן".