בדוחות הסניגוריה הציבורית חוזרות ועולות תלונות בנוגע לתנאי ההובלה של הכלואים - וכך גם בדוח לשנת 2016 (יום א', 9.7.17).

תהליך ההובלה יכול להימשך על פני מספר ימים ובמסגרתו נחשפים המועברים לתנאים קשים ולסבל רב מאד, הנובעים, בין השאר, מהשכמה באישון לילה ומחסור ניכר בשעות שינה; מזמני המתנה ממושכים בשלבי ההובלה; מנסיעות האורכות שעות רבות; מכבילה ממושכת בידיים וברגליים; מצפיפות ותנאים פיזיים קשים במתקני השהייה הזמניים ועוד. במצב זה נשקפת סכנה לבריאותם של המועברים ולעיתים יוצר התהליך אפקט מצנן אצל הכלואים, שמעדיפים לוותר על זכות הגישה לערכאות או על טיפול רפואי, על-מנת לחסוך את הפגיעה וההשפלה הכרוכה בדבר. תהליך מתיש ופוגעני של הובלת הכלואים עלול לפגוע באופן ממשי ביכולתם לעמוד בלחצים של חקירות משטרתיות או לקחת חלק פעיל ולהתגונן בהליכים משפטיים.

כך למשל, בבית המשפט המחוזי בירושלים סיפרו הכלואים, כי הם יוצאים ממתקני הכליאה השונים בסביבות 5:00-4:00 לפנות בוקר. החל משעה זו הם כבולים בידיהם וברגליהם. הם נאלצים לשהות בפוסטה במשך שעות לצורך המתנה ואיסוף של כלואים נוספים. משם הם מועברים לתאי המעבר בבית סוהר איילון, המכונים "הטרמינל", וגם שם הם ממתינים זמן רב כשהם אזוקים בידיהם וברגליהם ללא אוכל או שתייה עד שהם יוצאים לכיוון ירושלים.

בבית סוהר שקמה נמצא, כי כלואים שדיוניהם מתקיימים בבית המשפט בבאר שבע, מועברים קודם לאגף המעבר ברמלה, ורק אז עוברים לפוסטה המיועדת לבאר שבע, על-אף מיקומו הקרוב באופן יחסי של בית הסוהר לבית המשפט. במשך שעות רבות הם אזוקים בידיהם וברגליהם, ברכב קטן ממדים שיוצר תחושת מחנק, ללא אספקת מזון ושתיה נאותה. כך למשל תיאר עצור קטין, כי לצורך הגעתו לדיונים שנערכים בבאר שבע הוא יוצא מבית סוהר שקמה בשעה 5:30 ומגיע לבית המשפט בשעה 15:00, לאחר שעבר דרך נקודת איסוף ברמלה. במהלך הנסיעה הוא מוחזק כשהוא אזוק בידיו וברגליו, בצפיפות רבה, ללא מזון ושתיה.

באגף המעבר בבית סוהר איילון מצויים תאי ההמתנה במצב תחזוקתי ירוד ובמקום שוררים תנאי היגיינה לקויים ביותר. התאים מזוהמים ושורר בהם חום כבד וריח בלתי נסבל. ישנו קושי ממשי לשהות בתאים, ולו למשך זמן קצר. אין בתאים מתקני שתייה, מותקנים בהם שירותי כריעה, השירותים מלוכלכים מאוד ונודף מהם ריח קשה מנשוא. השהייה במתחם הטרמינל פוגעת בכבודם של הכלואים ברמה הבסיסית ביותר.