התפתחות נוספת, דרמטית - שעלולה היתה לשנות את מאזן הלחימה מול הפלשתינים - במאמצי החימוש של הפלשתינים:
חיל הים לכד בליל יום א' (6.5.01) ספינה עמוסה - סנטוריני, בלב ים סמוך לראש הנקרה, בדרכה לחופי רצועת עזה, ובה משגרי קטיושות (לטווח של עד 8.5 ק"מ), משגרי אר.פי.גי., טילים נגד מסוקים מסוג סטרלה, מרגמות, רובים ועוד. הספינה התגלתה על-ידי מטוס סיור המופעל לטובת חיל הים.
הספינה החמושה יצאה מנמל בלבנון. במערכת הביטחון מסרו, כי היא שוגרה על-ידי ארגון החזית העממית בראשו עומד אחמד ג'יבריל. צוות הספינה שכלל 4 איש, נעצר והוא מוחזק בישראל.
הגילוי הזה הדהים את הצמרת הביטחונית בישראל, שכן כלי הנשק שנתפסו נועדו לאיים על ערי הדרום, ובהן על העיר אשקלון. ככל הידוע, זו ההתפתחות אליה התכוון שר הביטחון בנימין בן-אליעזר, כאשר אמר בישיבת הסיעה בכנסת כי הפלשתינים עוברים ל"שלב חדש" במאבק.
נודע, כי צה"ל מפעיל מאמצים לגלות ספינות נוספות בלב ים - הנמצאות בדרכן לחופי עזה. מערכת הביטחון אישרה מידע זה במסיבת עיתונאים שערכה בבסיס חיל הים בחיפה.
התפתחות זו מצביעה על ההיערכות מצד הפלשתינים להחרפת המאבק כנגד ישראל. בשלב זה לא ברור מי בדיוק אמור היה לקלוט את הקטיושות, משגרי האר.פי.גי, והטילים נגד המסוקים. אולם על-פי ההערכות - פריקת נשק בגודל ובהיקף זה, לא יכולה להיעשות ללא הרשאה וסיוע של הרשות הפלשתינית עצמה.
במסיבת עיתונאים שנערכה, דיווח מפקד חיל הים אלוף ידידיה יערי, כי תוכניתם של ימאי הספינה היתה לפרוק את המטען באמצעות חביות, שייזרקו מול חופי עזה ויאספו על-ידי הפלשתינים.
שר הביטחון בנימין בן-אליעזר זקף את תפיסת אמצעי הלחימה לחיילים הנהדרים של צה"ל. הוא ציין, כי כמות הנשק ואמצעי הלחימה - ששמים ללעג את כל ההסכמים שנחתמו עם הרשות הפלשתינית - מעידים כי הרשות נערכת למלחמה כנגד ישראל, וזאת בעוד אנו פועלים לחידוש המו"מ המדיני. השר אמר עוד, כי דם רב נחסך עם תפיסת אמצעי הלחימה.
