גורמי הביצוע השונים בממשלה מקיימים בתקופה האחרונה תחקירים של מהלך ההינתקות כחלק ממערך הפקת לקחים לקראת אפשרות לביצוע פינויים נוספים בעתיד. המידע שיאסף בסיום תהליך התחקירים עשוי לשמש את מקבלי ההחלטות לקראת מהלכים דומים בעתיד כדוגמת תוכנית ההתכנסות של רה"מ, אהוד אולמרט.
מנכ"ל משרד ראש הממשלה, אילן כהן, וראש מנהלת סל"ע, יונתן בשיא, כינסו (ד', 10.5.06) את כל הגורמים המקצועיים שהשתתפו ביישום תוכנית ההינתקות לדיון מטה בדבר סיכום התהליך. בדיון הנחו כהן ובשיא את הדרגים המקצועיים להמשיך ולקיים תחקירי עומק במטרה להניח בפני מקבלי ההחלטות את הפקות הלקחים הנדרשות.
במסגרת הדיון דנו הגורמים השונים בהערכות משרדי הממשלה ומערכת הביטחון בנושאים האזרחיים, תהליך החקיקה המוקדמת, שלבי הפינוי והדיור הזמני והארעי ושילוב ותאום הגופים הפועלים. בין הסוגיות שנידונו בישיבה לובן הצורך בבקרת התהליך ובמערכת בלמים ואיזונים מול הצורך בגמישות הממשלה לפעול, דרכי ההתמודדות של הממשלה מול חוסר שיתוף הפעולה של המתיישבים ותנאי אי-ודאות והממשק שבין מנהלת סל"ע לגופי הביטחון ומשרדי הממשלה לאורך כל הדרך.
מהנתונים שנמסרו בדיון עולה, כי למעלה מ- 80% מהמשפחות שמרו על מסגרתם הקהילתית. בהקשר זה ציינו הגורמים השונים, כי האתגר העומד כעת בפני הממשלה הינו להוביל את הקהילות הללו ליישובי הקבע, תוך שמירה על מסגרתם הקהילתית.
עוד נמסר, כי בשבעת החודשים האחרונים נבנו כ- 1,200 יחידות דיור חדשות לטובת המפונים ב- 24 אתרים, מאבני איתן שברמת הגולן ועד יתד נאמן וחולות חלוצה שבדרום. נתונים נוספים מגלים, כי עד כה טופלו למעלה מ- 3,500 תביעות לפיצויים, כאשר מרבית המשפחות קיבלו פיצוי מלא. כמו כן, ועדת השרים לסיוע מתיישבי חבל עזה וצפון השומרון קיבלה למעלה מ-130 החלטות שבוצעו במלואן.