פעילות פוליטית
את פעילותו במערכת הפוליטית החל בשנת 1982 כאשר נבחר כמועמדה של
מפלגת העבודה לראשות מועצת שדרות. שנה לאחר מכן התמודד וניצח בבחירות המקומיות והחל לכהן כראש מועצת שדרות. בהיותו בן 31 בלבד היה אחד הצעירים מבין ראשי הרשויות המקומיות באותה עת.
נצחונו בשדרות נרשם כהישג פוליטי יוצא דופן בשל השנים הארוכות בהן המועצה המקומית הייתה נתונה בשליטת הליכוד והמפד"ל. בעקבות הצלחתו בזירה המקומית שובץ ברשימת מפלגת העבודה לכנסת ולאחר הבחירות לכנסת ה-12 (1988) החל לכהן כחבר כנסת. היה חבר בוועדות: ועדת הכספים, ועדת החוץ והביטחון, ועדה לענייני ביקורת המדינה, ועדת העבודה והרווחה, ועדה המיוחדת למאבק בנגע הסמים ובוועדה לנושאי הרשות השנייה לטלוויזיה ורדיו. כמו-כן היה ממקימי השדולה למען הנגב.
בנוף מפלגת העבודה שויך לאגף היוני אשר התאפיין בעמדות מדיניות מתונות. היה חבר בקבוצת "השמינייה" שהורכבה משמונה חברי הדור הצעיר במפלגת העבודה, אשר החזיקו בהשקפות מדיניות דומות וביקשו לקחת לידיהם את הנהגת המפלגה.
המשיך לכהן כחבר כנסת באופן רציף גם בכנסות הבאות. בכנסת ה-13 כיהן כיושב-ראש ועדת העבודה והרווחה בכנסת וכן כיושב-ראש הוועדה המשותפת לחוק ביטוח בריאות ממלכתי. ועדה זו עיצבה את חוק ביטוח הבריאות הממלכתי (אותו הוביל שר הבריאות דאז
חיים רמון), שחולל תמורות סוציאליות מהותיות בכל נושא הבריאות בישראל.
יושב-ראש ההסתדרות
בשנת 1993 הפסיד בהתמודדות מול חיים הברפלד בבחירות על מינוי מועמד מפלגת העבודה לתפקיד מזכ"ל הסתדרות העובדים. שנה לאחר מכן חבר לחיים רמון (אשר נחשב למנהיג קבוצת "השמינייה") בהקמת סיעת "רם" בהסתדרות. בבחירות למוסדות ההסתדרות שנערכו באותה שנה ניצחה סיעת "רם", הישג שנחשב לנקודת ציון היסטורית בתולדות הסתדרות העובדים, שכן למן היווסדה למעשה הייתה ההסתדרות נתונה בשליטת מפלגת העבודה (על גלגוליה השונים). לאחר הניצחון מונה רמון ליושב-ראש ההסתדרות ואילו פרץ מונה ליושב-ראש ראש האגף לאיגוד מקצועי (והמשיך לכהן כחבר כנסת). בנובמבר 1995 מונה רמון לשר הפנים, פרש מן ההסתדרות והעביר את תפקיד היושב-ראש לידי פרץ.
כיושב-ראש ההסתדרות נאלץ להתמודד עם המשבר הפיננסי הקשה בו היה נתון הארגון ולשם כך נקט בצעדים דרמטיים ובראשם פיטורי עובדים ומכירת נכסים. בפעולותיו השלים את הרפורמה הדרמטית, אותה החל רמון, שמטרתה הייתה הפיכת ההסתדרות מארגון רב נכסים ואחזקות במשק הישראלי לארגון שליבת פעילותו - איגוד וייצוג עובדים.
בשנת 1997 התמודד וניצח בבחירות הישירות על ראשות ההסתדרות והמשיך לכהן בתפקיד יושב-ראש הארגון. בכהונתו זו התמודד עם אתגר משמעותי נוסף – המדיניות הכלכלית אותה הוביל ראש ה
ממשלה בנימין נתניהו אשר כללה הפרטה נרחבת של חברות ממשלתיות, הלאמת קרנות הפנסיה של ההסתדרות (שהיו נתונות במשבר אקטוארי קשה) ופגיעה פוטנציאלית בזכויות העובדים. אל מול מדיניות זו ניהל מאבק תקיף אשר כלל גם שביתות כלליות במשק, עד להשגת הסכמות עם הממשלה.
עם אחד
בשנת 1999 התפצל מסיעת מפלגת העבודה בכנסת (יחד עם חברי הכנסת אדיסו מאסלה ורפיק חאג'-יחיא) והקים סיעה חדשה בראשותו בשם - "עם אחד". בבחירות לכנסת ה-15 (1999) התמודד בראשות רשימת "עם אחד". הרשימה זכתה בשני מנדטים בלבד ונותרה באופוזיציה. בבחירות לכנסת ה-16 (2003) זכתה רשימת "עם אחד" בשלושה מנדטים.
בשנת 2005 התאחדה מפלגת "עם אחד" אל תוך מפלגת העבודה. בנובמבר אותה שנה התמודד בבחירות לראשות מפלגת העבודה מול
שמעון פרס ובנימין בן-אליעזר וניצח. נצחונו של לווה בטענות נגדו על התנהלות לא ראויה בפקידת מתפקדים חדשים למפלגת העבודה (הפרשה זכתה לכינוי "מפקד הארגזים"). הטענות הוכחשו על-ידי פרץ. בחירתו לוותה גם בתקווה כי היותו יליד מרוקו ובן עיירת פיתוח תסייע למפלגת העבודה לגייס מצביעים מקרב קהלים חדשים.
בינואר 2006 פרש מתפקיד יושב-ראש ההסתדרות והעביר את התפקיד לידי עופר עיני.
שר הביטחון
הוביל את מפלגת העבודה במערכת הבחירות לכנסת ה-17 (2006) תוך התמקדות בנושאים חברתיים-כלכליים. בבחירות עצמן זכתה המפלגה ב-20 מנדטים והצטרפה לקואליציה שהרכיבה מפלגת קדימה. כחלק מן ההסכם הקואליציוני מונה לשר הביטחון וסגן ראש הממשלה בממשלה ה-31 בראשות אהוד אולמרט.
מינויו לשר הביטחון לווה בביקורת פוליטית וציבורית אשר התמקדה בחוסר ניסיונו בנושאי ביטחון ובתפקידים מיניסטריאליים ככלל. בהקשר זה יש לציין כי מרבית שרי הביטחון בממשלות ישראל היו רמטכ"לים ואלופי צה"ל לשעבר או בעלי ניסיון עשיר במערכת הביטחון. סביב ביקורת זו נשמעו טענות נגד כי הביקורת נגדו ואפיונו כבעל כישורים חסרים, נובעת גם ממניעי אפליה עדתית. אחת התמונות הסמליות לביקורת שהושמעה נגדו הייתה צילום בו הוא נראה צופה באימון צה"לי כשהוא אוחז במשקפת שעדשותיה מכוסות.
במהלך כהונתו כשר ביטחון התמודד עם כמה אתגרים משמעותיים: סיכול פיגועים בגזרת יהודה ושומרון, עימות מתמשך מול ארגון חמאס שכלל ירי רקטות מרצועת עזה (ואת חטיפת החייל גלעד שליט) ומלחמת לבנון השנייה. הערכת תפקודו של כשר הביטחון במהלך המלחמה וככלל, שנויה במחלוקת, עם זאת קיימת הסכמה כי הייתה לו תרומה משמעותית להחלטה על פיתוח מערכת "כיפת ברזל" וכן להחלטה על תקיפת מערך הרקטות ארוכות הטווח של חיזבאללה בתחילת מלחמת לבנון השנייה. מנגד זכה לביקורת מסוימת מצידה של ועדת וינגורד (אשר עסקה במלחמת לבנון השנייה) אשר קבעה, בין היתר כי: "כשל בכך שלא ביקש דיון אסטרטגי של ממש, לפני היציאה למלחמה".
במאי 2007 נערכו בחירות לראשות מפלגת העבודה בהן התמודד, הפסיד ופינה את מקומו בהנהגת המפלגה למנצח
אהוד ברק. בעקבות ההפסד נאלץ לעזוב את משרד הביטחון שעבר לידיו של ברק.
בבחירות לכנסת ה-18 (2009) התמודד ונבחר ברשימת העבודה לכנסת. לאחר הבחירות הצטרפה מפלגת העבודה לקואליציה אותה הרכיב הליכוד, הביע התנגדות למהלך והודיע כי יסרב לקבל תפקיד שר בממשלה ה-32 בראשות בנימין נתניהו. במהלך הכנסת ה-18 כיהן כחבר בוועדות: ועדת הכלכלה, ועדת חוץ וביטחון, הוועדה לקידום מעמד האישה ולשוויון מגדרי.
חבר "התנועה"
בספטמבר 2011 התמודד בבחירות על ראשות מפלגת העבודה, אותן הפסיד (לאחר שני סבבי בחירות) ל
שלי יחימוביץ'. בנובמבר 2012, לקראת הבחירות לכנסת ה-19, התמודד בבחירות המקדימות לשיבוץ רשימת מפלגת העבודה לכנסת וסיים במקום השני. כשבוע לאחר הבחירות המקדימות, על-רקע עימות מתמשך בינו ובין יושב-ראש המפלגה יחימוביץ', הודיע על פרישה ממפלגת העבודה, התפטרות מן הכנסת וחבירה למפלגה חדשה בשם "התנועה" בראשות
ציפי לבני.
במרס 2013 טענה שלי יחימוביץ' כי היה מעורב בניסיונות לקנות קולות בוחרים בבחירות המקדימות במפלגת העבודה. הטענות, אשר הוכחשו על-ידו, הובילו לחקירה משטרתית שהסתיימה ללא ממצאים לביצוע עבירות.
בבחירות לכנסת ה-19 (2013) זכתה "התנועה" בשישה מנדטים והוא שב לכנסת כחבר בסיעת המפלגה. לאחר הבחירות הצטרפה "התנועה" לקואליציה בראשות הליכוד וכחלק מן ההסכם בין המפלגות מונה לשר להגנת הסביבה בממשלה ה-33. במסגרת תפקידו קידם את "חוק השקיות", חוק אשר חייב את רשתות המזון לגבות תשלום על שקיות ניילון חד-פעמיות. חקיקת החוק הושלמה לאחר סיום כהונתו במשרד להגנת הסביבה. בנובמבר 2014 התפטר מהממשלה ומהקואליציה עקב אי-התקדמות בתהליך המדיני.
לקראת הבחירות לכנסת ה-20 (2005) התאחדו מפלגת העבודה ומפלגת התנועה לרשימה אחת בשם "
המחנה הציוני". כחלק מן ההסכם בין המפלגות שוריין מקומו ברשימה המאוחדת. בבחירות זכתה הרשימה ב-24 מנדטים והיה לחבר בסיעת "המחנה הציוני".
חזרה למפלגת העבודה
בפברואר 2016 הודיע על עזיבת מפלגת "התנועה" וחזרה לפעילות במפלגת העבודה. בדצמבר 2016 הודיע על התמודדות בבחירות על ראשות מפלגת העבודה. במהלך 2017 פורסמו מספר ידיעות ובהן הוצגו טענות על התנהלות לא ראויה בפקידת מתפקדים חדשים למפלגת העבודה על-ידי פרץ ואנשיו (לדוגמה פקידת מתפקדים ללא ידיעתם). טענות אלו הוכחשו על-ידו.
בסביבתו אומרים כי הוא סולל כעת את דרכו להתמודד על תפקיד נשיא המדינה הבא.
