תלונה נגד פרופ' אהרן ברק הוגשה (יום ד', 15.11.06) לנציבות תלונות הציבור על שופטים. בתלונה שהגישה התנועה להגינות שלטונית, היא קובלת כי בהתנהלותו של נשיא בית המשפט העליון לשעבר באירוע שבו קיבל תואר דוקטור לשם כבוד מן התנועה הרפורמית יש משום קבלת טובת הנאה.
למרות שכבר פרש מכס המשפט בביהמ"ש העליון, טוענת התנועה כי במהלך שלושת החודשים לאחר פרישתו עדיין יש בסמכות הנציבות לדון בתלונה על השופט, הממלא תפקיד שיפוטי בכתיבת פסקי דין [חוק בתי המשפט קובע, כי "שופט שהחל בדיון ויצא לקיצבה או פרש, יהיה מוסמך לסיים את הדיון תוך שלושה חודשים מיום היציאה לקיצבה או הפרישה", ע.י.].
התנועה להגינות שלטונית טוענת כי ברק, אשר צפוי או יכול לתת פסק דין בבג"צ 5336/03, יקבל תואר זה מצד התנועה הרפורמית המהווה צד בעתירה. היא טוענת כי גם אם בסופו של דבר לא יכתוב ברק עצמו את פסק הדין, "הרי שהעותרים בעתירה לא ידעו רז זה, לא בעת ההצעה אף לא בעת הענקת התואר".
עוד נטען בתלונה, כי אף אם ברק עצמו לא יכתוב את פסק הדין "מן המפורסמות היא שבין השופטים מתקיים שיח והשפעה הדדית, ונמצא כי לעמדתו של כב' הנשיא ברק השפעה ברורה, אם כי עקיפה, על כתיבת פסק הדין. ככזה על השופט להימנע מקבלת טובת הנאה כלשהי מעותר אשר עתר לפניו בעבר באורח אינטנסיבי".
המתלוננת מציינת את הצעת חוק כללי האתיקה לשופטים אשר הוגשה ונתקבלה בעצתו ובהסכמתו של ברק ודנה בכללי אתיקה לתקופת הכהונה בתוספת שלושת חודשי כתיבת פסקי הדין. "כלל זה", כתבה, "לא החיל כב' הנשיא ברק על עצמו".
חשד: התואר הוצע במהלך כהונתו כנשיא העליון
בתנועה מעלים חשד כי התואר לשם כבוד הוצע לברק עוד בימי כהונתו כנשיא. החשש מסתמך על תגובת התנועה הרפורמית באתר nrg, לפיה "ברק התנה את קבלת התואר בהענקתו רק לאחר מועד פרישתו".
עוד נטען, כי הצהרת ברק בנאומו בדבר ההעדפה שעל הפרשן להעדיף פרשנות אוניברסלית על זו הפרטיקולרית כתואמת יותר את המדינה היהודית והדמוקרטית, "מהווה מעין המלצה (או שמא הנחיה חברית) לשופטי ההרכב הדנים בסוגייה של פרשנות המונח 'מי שנתגייר' בחוק השבות".
בתנועה להגינות שלטונית אומרים, כי ברק פגע פגיעה אנושה באמון הציבור ובמערכת המשפט, ומבקשים בין היתר מנציבות תלונות הציבור על שופטים לקבוע הנחיות חדשות בנושא אתי זה ולהחילם גם על שופטים בתוך שלושה חודשים לפרישתם. כמו כן היא מבקשת להנחות את אהרן ברק להימנע מכתיבת פסקי דין בעתירות בהן התנועה ליהדות מתקדמת הינה צד לעתירה.