נדחתה עתירתה של עמותת ארגון אלמנות ויתומי צה"ל, שהגישה עתירה לבית המשפט המחוזי בירושלים, בשבתו כבית משפט לעניינים מנהליים. העתירה הוגשה נגד רשם העמותות, על החלטתו שלא לתת לעמותה אישור על ניהול תקין לתקופה שבין 8.12.05-31.12.05 ולשנת 2006, לאחר שקבע כי התגלו ליקויים בתפקודה.
העמותה טענה נגד רשם העמותות כי נקט בעניינה עמדה לא עניינית, אפליה והעדר סמכות. בנוסף האשימה העמותה את הרשם כי אינו מוסמך לשמש כערכאה מעין שיפוטית לקבל כתבי טענות או מכתבי תלונה ולהכריע בעובדות. עוד הוסיפה העמותה כי מאז הגשת העתירה חלה התפתחות בעלת חשיבות, לפיה משרד הביטחון הודיע כי אם עד סוף השנה לא יועבר לעמותה תקציב תמיכה של משרד הביטחון בסכום של מיליון שקלים, ירד הכסף לטמיון.
על-פי החלטת הממשלה, נדרש מגופים הפונים בבקשה לתמיכה ממשרד ממשלתי, להציג אישור של רשם העמותות. הרשם בודק, על בסיס נוהלים וקריטריונים שגיבש, אם העמותה עומדת בדרישות החוק ואם נכסי העמותה והכנסותיה משמשים רק את מטרות העמותה. מפסק הדין, שניתן על-ידי השופטת יהודית צור, סגנית נשיא בית המשפט המחוזי, עולה כי העמותה לא הגישה את המסמכים הדרושים לקבלת האישור, שלפי השופטת הינם חלק מהותי וחשוב לצורך בחינת ניהולה של העמותה. השופט דחתה בנוסף את טענת העותרת כי הרשם התערב שלא כדין בהליך שיפוטי ובענייניה הפנימיים של העמותה.
השופטת צור ציינה כי עולה בבירור שהגשת העתירה נעשתה בלא שקדם לכך אישור של הגוף המוסמך בעמותה, וכי ארבע משבע חברות הנציגות כלל לא ידעו על הגשתה. לפי השופטת היה צורך לצרף לעתירה החלטה של הגורם המוסמך בעמותה, ומאחר שלא נעשה כך בחרה לדחות את עתירה. בנוסף האשימה השופטת את העמותה בשיהוי, וציינה כי היא פעלה למעשה חודשים רבים ללא אישור ניהול תקין.
השופטת מתחה ביקורת על העמותה, ולדבריה: "העתירה מעלה תמונה עגומה וקשה על דרך התנהלותה של עמותה ציבורית. אין זו עוד עמותה אלא עמותה המייצגת תפקיד רגיש וחשוב מהמעלה הראשונה לציבור בארץ בכלל ולאלמנות ויתומי צה"ל בפרט. בעמותה בעלת תפקיד כה רגיש וחשוב יש להקפיד הקפדת יתר על פעילות מסורה, עניינית ותקינה והעיקר יש לקיים בצורה מסודרת ומלאה את כל הוראות החוק והתקנון. המעט שניתן לומר מהנתונים שבפני כי העמותה - במצבה כיום - אינה עומדת בדרישות אלה ומצב דברים זה יש לתקן ללא דיחוי!"
בנוסף קבעה השופטת כי טענות העמותה שהרשם נקט בעניינה עמדה לא עניינית אינן מבוססות ודינן להידחות. בכדי לא לחייב את העמותה בהוצאות ובכך לגרום לה נזק שלא הייתה מודעת לו, נמנע בית המשפט מלחייב את העמותה בתשלום הוצאות הרשם על אף דחיית העתירה.