בתגובה לדוח אמנסטי בינ"ל הדגיש משרד המשפטים את החשיבות שנותנת המדינה לזכויות אדם. דובר המשרד, משה כהן, מסר כי מדובר בדוח "מוטה חד-צדדי, בלתי מוסרי, רצוף שגיאות ואי דיוקים עובדתיים ומשפטיים רבים, לרבות האזכורים המועטים של הטרור הפלשתיני אשר מחזיק את הבלתי מעורבים בו כבני ערובה, בהשתמשו בהם כמסווה וכמגן אנושי".
עוד הוא טוען, כי הדוח אינו מתייחס לזכותה של ישראל להגנה עצמית ולא נותן משקל אמיתי לצורך בבטחונה: "גישה זו מוצאת ביטויה באופן מובהק בפרק ההמלצות, הכולל שורת המלצות מפורטות לישראל ולקהילה הבינלאומית בעוד שהרשות הפלשתינית נדרשת אך לנקוט בצעדים על-מנת למנוע פעולות טרור נגד אזרחים ישראלים.
אי הדגשת מרכזיות הטרור הפלשתיני וחובתו של צה"ל לפעול להגנת אזרחי ישראל כתוצאה ממנו, אינו סביר ויוצר הטעיה מכוונת".
