האם המוסד הישראלי חיסל מחבל בכיר בחזית העממית בגלל שחשף את קשריו הביטחוניים עם הרש"פ? האם הוא חוסל באותה השיטה שבה חוסל בלונדון אשרף מרוואן, חתנו של הנשיא גמאל עבד אלנאצר ויועצו של הנשיא אנוור סאדאת, בגלל קשריו עם המוסד הישראלי?
פרשת מותו של מחבל החזית העממית עומר אלנאיף לא יורדת מסדר היום הפלשתיני. ארגון החזית העממית דורש מיו"ר הרש"פ מחמוד עבאס להקים ועדת חקירה לאומית בהשתתפות נציגים של כל הפלגים הפלשתינים בפרשת מותו המסתורי של אלנאיף, לאחר שלטענתו הרש"פ טייחה את החקירה.
גופתו של עומר אלנאיף, שהיה מבוקש ע"י ישראל באחריות לרצח תלמיד הישיבה אליהו עמדי בעיר העתיקה בירושלים ב-1986, התגלתה ב-26 בפברואר 2016 בחצר בניין השגרירות הפלשתינית בסופיה בבולגריה. בני משפחתו של אלנאיף טוענים כי חוסל על-ידי שכירי חרב של המוסד הישראלי אשר דחפו אותו אל מותו מקומה גבוהה בבניין השגרירות מכיוון שחשף את שיתוף הפעולה בין המוסד לבין מנגנוני הביטחון של הרש"פ. לטענתם, גם שלטונות בולגריה היו שותפים למזימה וטייחו את הפרשה - ראש ממשלת בולגריה ביקר בישראל וברמאללה יומיים לפני מותו של אלנאיף, ושם סוכם על פתרון מהיר ודיסקרטי של הפרשה, דהיינו היה שיתוף פעולה ביטחוני משולש ישראלי-פלשתיני-בולגרי לחיסולו השקט של אלנאיף.
גורמים ברש"פ טוענים כי העניין נחקר ביסודיות על-ידי ועדת חקירה של הרש"פ וכי אלנאיף התאבד בקפיצה מבניין השגרירות הפלשתינית בבולגריה בגלל מצוקתו הנפשית. ארגון החזית העממית הקים ועדת חקירה עצמאית מטעמו לבדיקת מותו, והוא טוען כי ברשותו עדויות ומסמכים על מעורבות בכירים ברש"פ בחיסולו. הוא הבטיח לנקום את מותו, כפי שבעבר נקם את חיסולו על-ידי ישראל של אבו עלי מוצטפא שהיה ראש הזרוע הצבאית של הארגון. בתגובה רצח הארגון את השר
רחבעם זאבי (גנדי) ז"ל.
ארגון החזית העממית מאשים את הגנרל מאג'ד פרג', ראש מננגנון המודיעין הכללי הפלשתיני, את השגריר הפלשתיני אחמד אלמד'בוח ואת שר החוץ הפלשתיני ריאד אלמאלכי בטיוח הפרשה.
קצין בכיר במודיעין הפלשתיני גילה לסוכנות "פלשתין אלאן" ב-14 בינואר כי ישראל פנתה אל שלטונות בולגריה בבקשה כי יסגירו לידיה את עומר אלנאיף, אשר נמלט מהכלא הישראלי כדי להעמידו לדין. לדבריו, המודיעין הפלשתיני פיתה את אלנאיף לבוא לבניין השגרירות הפלשתינית בסופיה, כדי לתכנן עימו כביכול את הברחתו מחוץ לתחומי בולגריה, אך בפועל התוכנית הייתה לסייע למוסד לחטוף אותו מבולגריה לישראל. אולם אלנאיף התבצר בבניין השגרירות הפלשתינית, וסירב לעוזבה עד שתיפתר הבעיה. למקום הגיעו שכירי חרב מהמאפיה הבולגרית אשר כביכול היו אמורים להבריחו מחוץ לגבולות המדינה. הם החדירו סם לקפה שאותו שתה אלנאיף, והשליכו אותו מקומה גבוהה בבניין השגרירות הפלשתינית.
לטענת הקצין הפלשתיני, המוסד הישראלי שילם סכום כסף גדול לגנרל מאג'ד פרג' תמורת חיסולו של עומר אלנאיף, הכסף הועבר לטורקיה והושקע ברכישת נדל"ן.
גורמים בחזית העממית טוענים כי בלחץ של הגנרל מאג'ד פרג' על שר החוץ הפלשתיני ריאד אלמאלכי, נשאר השגריר הפלשתיני בבולגריה בתפקידו ולא הועבר לתפקיד אחר או הוצא לפנסיה מחשש שהדבר יתפרש כהודאה באשמת הרצח של אלנאיף.
הרש"פ גם חוששת כי פתיחת הפרשה תפגע ביחסיה עם בולגריה ובתיאום הביטחוני עם ישראל. פרשת מותו של עומר אלנאיף מהווה אבן נגף רצינית ביחסים בין ארגון החזית העממית, שהוא חלק מאש"ף, לבין הרש"פ, ומונעת בין היתר את הפיוס ביניהן.
בפרשה מעורבים גורמים בכירים ברש"פ המקבלים גיבוי מלא מיו"ר הרש"פ מחמוד עבאס, אך בארגון החזית העממית טוענים כי מבחינתם עדיין לא נאמרה המילה האחרונה בפרשה. העלאת הפרשה מחדש גורמת מבוכה לרש"פ ברחוב הפלשתיני בכל הקשור לתיאום הביטחוני עם ישראל, במיוחד נוכח העובדה שעבאס הודיע על הפסקת התיאום הביטחוני עם ישראל בעקבות ההכרזה על "עסקת המאה" האמריקנית, אולם בפועל לא קרה דבר והתיאום עם ישראל נמשך כרגיל.
