בקשת האשראי הגיעה לפתחו של אגף החשב הכללי, אז ד"ר ירון זליכה, זאת מאחר שבסמכותו לאשר או לפסול בקשות להיתר אשראי חריג. ד"ר זליכה העיד בפני המבקר כי הבקשה לוותה "בלחצים כבדים מצד המכללה וגם מצד שר האוצר אולמרט לתת כבר את ההיתר". לדברי זליכה, מדובר היה ב"לחצים יומיומיים... היו שיחות טלפון מלשכת שר האוצר בעיקר של עובד יחזקאל. לא רק שהלחצים הופעלו ברמה של שיחות טלפון של עובד יחזקאל, אלא אפילו חלק מהנתונים הובאו כמתווך. קיבלתם את הנתונים? מה אתם צריכים, אני אשיג לכם. ממש תיווך". זליכה הערים קשיים וקבע כי לא ניתן לתת אשראי בסכום המבוקש, אך אולמרט התעקש. "בשיחה ישירה ביני לבין שר האוצר אולמרט התבקשתי באופן אישי לדון שוב בנושא... המסר היה חד-משמעי, שאם אני ארצה אני אדע למצוא פתרון".

המבקר מוסיף, כי "התערבותם של השר ואנשי לשכתו בנושא מתן היתר האשראי ויכולת ההחזר של המכללה יכולה הייתה להתפרש בידי גורמי המקצוע בחשכ"ל כהתערבות חורגת מגדר זירוז ההליך וקבלת ההחלטה... והיה בה כדי לפגום בהליך קבלת ההחלטות ובשיקול דעתם של הגורמים המקצועיים בבואם לבחון את יכולת החזר של המכללה".

הדוח כולל ביקורת על פן נוסף בפרשת המכללה העוסק בהתנהלות הוועדה לתכנון ותקצוב במועצה להשכלה גבוהה. מדובר בהתנהלותה בכל הנוגע לניסיון לאחד שתי מכללות בירושלים, המכללה להנדסה ומכללת הדסה. המבקר קובע כי למרות שהות"ת החליט לבדוק את סוגיית האיחוד, הבדיקה לא נערכה וללאקונה זו נכנס נשיא המכללה וכסלר שהחליט לפעול נגד האיחוד.

ביולי 2005 שלח וכסלר מכתב לעוזרו של אולמרט, שר התמ"ת אז, בנוגע לישיבה שנועדה לעסוק בענייניה של המכללה. וכסלר ביקש להגיע לסיכום ש"האיחוד אינו רלוונטי עוד". הפגישה התקיימה, אך לא דנו בה בנושא האיחוד. למרות זאת, וכסלר שלח מכתב מטעמו לראשי הות"ת ובו הציע להוריד מסדר היום את האיחוד מאחר שבישיבה עם השר, לטענתו, הובהר כי "האיחוד ירד מהפרק".

בישיבת הות"ת שבה נדונה סוגיית האיחוד ביקש וכסלר כי הוועדה תמליץ לשר האוצר, אז אהוד אולמרט, לאשר היתר אשראי מבנק מסחרי בסכום של 10 מיליון שקלים ובכך לממן את התשלום למינהל עבור הנכס. בנובמבר 2005 במסגרת דיון במליאת הות"ת על האיחוד שבוטל, ביקש וכסלר כי הות"ת תמליץ לשר האוצר לאשר היתר אשראי עבור המכללה. באותה עת לא התקבלה החלטה בנושא האשראי.

הוא מציין עוד, כי למרות פעילותו האינטנסיבית של וכסלר ופניות השר ולשכתו לחשב, המכללה לא קיבלה את ההיתר אך בהמשך נערכה גם בדיקה "שחשפה את העובדה כי המכללה לא חויבה בכ-31 מיליון שקלים בגין המבנים". בינואר 2006 פנה המינהל למכללה ודרש ממנה לשלם את הכסף. "המכללה לא שילמה את הסכום האמור... בסוף נובמבר 2008, למעלה מחמש שנים לאחר פינוי הנכס על-ידי חברת בזק, המכללה עדיין שוכנת בו, הסכום שהיה עליה לשלם לא שולם".

המבקר מוסיף, כי נשיא המכללה וכסלר פעל תוך ניגוד עניינים כאשר כיהן כיו"ר הרשות לפיתוח ירושלים ובד בבד כנשיא בשכר של המכללה. בניגוד לדבריו, הוא השתתף בדיון של ועדת ההשקעות ברשות שבו הוחלט על מתן הלוואה של 5 מיליון שקלים למכללה בראשותו.

לדברי המבקר, וכסלר חתם על דוחות כספיים של הרשות לפיתוח ירושלים בהם נרשמו חמשת מיליוני השקלים כהלוואה מצד אחד, מצד אחר "כנשיא המכללה הוא חתם על הסכם שקובע כי הסכום הוא תמיכה". בדוח נקבע כי "וכסלר היה שרוי בניגוד עניינים בין תפקידו כיו"ר הרשות לפיתוח כנותן הלוואה ובין תפקידו כנשיא המכללה וכמקבל תמיכה". בפרשה אף התקיימה חקירה משטרתית בחשד למעשים פליליים, אך תיק החקירה נסגר בהעדר ראיות מספיקות. המבקר קבע עם זאת כי "אין בנסיבות העניין, קשר בין אשמה פלילית לבין אחריות ציבורית".

המינהל טען כי הסיבה להשמטה נעוצה "בכשל מיכוני" שהוביל "להטעייתם של כל הגורמים המאשרים שדנו בעסקה - החל מהפקידה המטפלת דרך הנהלת מחוז ירושלים, עבור בנציגי החשבות... וגמור בחברי הנהלת המינהל שאישרו את העסקה... אין המדובר בטעות יחידה ו'מתגלגלת' אלא בצבר טעויות שהוזנו זו על-ידי זו ושלא ניתן היה לגלותן בהעדר בקרה מיכונית ראויה". המבקר מוסיף כי בא-כוחה של שטראוס טען עוד, כי "הטיפול בהנהלה היה לקוי בליקויים חמורים שהביאו לתוצאה שמחלקה עסקות במחוז הוציאה למכללה מהמחשב דרישת תשלום שלא כללה את ערך המבנים. זאת ללא ידיעת שטראוס שלא הייתה אמורה לדעת על כל דרישות התשלום שמוציאה מחלק העסקות שבמחוז - וזאת על-פי הנוהלים".

בהעדר "בקרה מיכונית ראויה" בעסקות חריגות מעין אלו, על המינהל לחזור ל"ביקורת ידנית" על הקצאת קרקעות על כל פרטיהן, קובע המבקר. המבקר הוסיף כי הוא "מסתייג" מהתנהלות מנהלת המחוז אפרת שטראוס בפרשה וכי למרות שתיק החקירה הפלילי בפרשה נסגר מחוסר אשמה "אין קשר בין אשמה פלילית לבין אחריות ציבורית". כמו-כן, מתח ביקורת על מנהל המינהל יעקב אפרתי שאישר תוך חריגה מהמותר לפי נוהלי המינהל, מתן ארכות לתשלום סכום של 10 מיליון שקלים עבור הקצאת הקרקע. כמו-כן על השמטת חיוב של כ-5 מיליון שקלים בגין חובות העבר.

בסיכום התנהלות המינהל בפרשה כתב המבקר כי "המקרקעין של המדינה הם משאב לאומי, חיוני ובעל ערך רב, עובדה המחייבת טיפול קפדני בהם תוך שמירה על אינטרס הציבור. המינהל הוקם על-מנת לנהל בנאמנות את הנכסים הללו. התנהלות המינהל ושל מחוז ירושלים מעידה על התעלמות מחובת הנאמנות שיש לעובדי ציבור בכלל ולמי שנאמן על נכסי המדינה בפרט. פגיעה חמורה בחובת הנאמנות עלולה לפגוע באמון הציבור ברשויות ובמינהל. פרשה זו דורשת מהמינהל לערוך בחינה מדוקדקת על אופן התנהלותו ודרך טיפולו בעסקה על-מנת למנוע הישנות מקרים דומים".

הדוח מתייחס למכללה שהוקמה ביוזמת אולמרט בעת כהונתו כראש עיריית ירושלים. אולמרט אף כיהן בחבר הנאמנים של המכללה. לנשיא המכללה מונה מקורבו, עוזי וכסלר שכיהן בעבר כגזבר העיר ירושלים וכמנהל מינהל מקרקעי ישראל. בעת ששימש כנשיא המכללה כיהן גם כיו"ר הרשות לפיתוח ירושלים, תפקידים שיצרו ניגוד עניינים בפרשה זו.

למעשה, הפרשה החלה עם ההחלטה בשנת 2004 של הוועדה לענייני ירושלים להקצות את שטח מכללת בזק בעין כרם בירושלים לטובת המכללה להנדסה. באוגוסט 2005 אישר המינהל, המחזיק בנכס, הקצאה פטורה ממכרז לטובת המכללה להנדסה. התנאים להקצאה היו תשלום של 10 מיליון שקלים עבור הקרקע ותשלום של 31 מיליון שקלים עבור המבנים.

אלא שהתברר כי בשלב כלשהו "נשמט" החיוב של המכללה לשלם 31 מיליון שקלים עבור המבנים, נשמטו כ-5 מיליון שקלים חובות העבר, גם את הסכום של 10 מיליון השקלים עבור הקרקע, המכללה לא הזדרזה לשלם, ונשיאה אף פעל לקבל דחיות מהמינהל לתשלום.

המבקר מותח ביקורת על התנהלותם בפרשה של מנהל המינהל יעקב אפרתי ומנהלת מחוז ירושלים אפרת שטראוס, אשר בגין התנהלותם כאמור, "נשמט" סכום של 31 מיליון שקלים חיוב עבור מבנים וסכום של 5 מיליון שקלים, חובות עבר. "שובר התשלום שהופק במחוז ירושלים במינהל בעקבות ההחלטה היה בערך של 10 מיליון שקלים בגין הקרקע בלבד - הוא לא כלל חיוב של 31 מיליון שקלים בגין המבנים. לפי נוהלי המינהל לשם קיום עסקה על מחלקת עסקות במחוז להפיק ליזם מכתב, שובר תשלום וחוזה, אלו הופקו... ונשלחו למכללה. בכל אלו לא נכלל חיוב בגין מבנים".

לפיכך, כחודשיים לאחר מכן, התקיים דיון נוסף אצל השר אולמרט בסיומו הוחלט: "סיכום השר: ות"ת יקבלו החלטה שתאפשר למכללה להנדסה לקבל הלוואה שתאפשר להם לבצע את העסקה עם מינהל מקרקעי ישראל - באחריות משה ליאון (חבר מליאת הות"ת)".

המבקר קובע כי שר האוצר אולמרט "הכתיב למעשה לות"ת איזו החלטה לקבל והטיל את ההחלטה ליישומה במליאת הות"ת על משה ליאון עוד בטרם קיבלה המליאה החלטה על סמך אמות מידה מקצועיות".

המבקר אינו חוסך ביקורתו על ההחלטה של הות"ת לבטל את האיחוד ללא בדיקה בניגוד לתשובתה למבקר, בניגוד להחלטותיה היא. למעשה, החלטה זו של ביטול האיחוד "סללה את הדרך להמלצתה לתת למכללה היתר אשראי של 10 מיליוני שקלים עבור הנכס". המבקר מוסיף כי החלטה זו של הות"ת, עמדה בניגוד לעמדת אגף התקציבים של הות"ת ש"העלו ספק גדול בעניין מתן היתר אשראי למכללה ובעניין יכולת הפירעון ההלוואה". אף על-פי כן, כותב המבקר, "מליאת הות"ת קיבלה החלטה ללא נימוק המתמודד עם קביעתו המקצועית של אגף התקציבים בות"ת על אודות כושר פרעונה המוגבל של המכללה".

המכללה להנדסה דוחה את טענות המבקר על התנהלות בנוגע להקצאת הקרקעות. בתגובה אומרת המכללה כי היא "מוסד ציבורי להשכלה גבוהה העוסק בהכשרת מהנדסים לתעשיות המתקדמות בישראל.מכיוון והמדובר במוסד ציבורי, המכללה מתוקצבת על-ידי המועצה להשכלה גבוהה, לכל דבר ועניין, בדומה לכל אוניברסיטה אחרת". בהודעה נמסר עוד כי "בדוח המבקר נפלה טעות בסיסית, שאינה מובנת...הנובעת מההתעלמות ממעמדו הציבורי של המוסד. הטענות כאילו נפל פגם כלשהו בעניין הקצאת הקרקעות מוזרות, לאור העובדה הברורה כי ממשלת ישראל החליטה להקצות קרקע למכללה, בפועל קרקע של מינהל מקרקעי ישראל השייך למדינה מוחכרת למכללה השייכת למדינה ובסופו של דבר הקרקע נשארת שייכת למדינה".