ראש הממשלה לשעבר, אהוד ברק, הודיע ליועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, כי הוא לוקח אחריות לאירועים הנוגעים לפרשת העמותות ב-1999.
ברק נפגש עם רובינשטיין (יום ה', 13.2.03), לפי בקשתו. בפגישה השתתפה פרקליטת המדינה, עדנה ארבל. בפגישה נדונה הפרשה שנקשרה בשמו: עבירות פליליות לכאורה בוצעו במהלך קמפיין הבחירות שלו לראשות הממשלה. לטענת ברק, לא בוצעו עבירות פליליות, וכל שאכן בוצע - נעשה כדין, על-פי החוק, ובהתבסס על חוות דעתו של רובינשטיין עצמו, שקבע כי גיוס כספים באמצעות עמותות, בדרך שבוצעה, אינו נוגד את החוק.
מבקר המדינה, אליעזר גולדברג, קבע כי מדובר בחשד לעבירות פליליות, והמליץ ליועמ"ש לשקול פתיחת חקירה. המשטרה ניהלה חקירה פלילית, לפי הנחייתו של רובינשטיין, והמליצה להעמיד לדין כמה אישים, ובהם: מזכיר הממשלה לשעבר, יצחק הרצוג (שנבחר לכנסת ה-16), גיסו עו"ד דורון כהן, ויועץ התקשורת, טל זילברשטיין.
ברק יזם את הפגישה, נוכח לחצים שהופעלו עליו, ודברים ששמע מפי מקורביו. נטען נגדו, כי הוא הפקיר את אנשיו לגורלם, וכי עתה הם מתבוססים בחקירות פליליות, ועומדים בפני סיכון של הגשת כתב אישום נגדם - בגין מעשיהם במהלך קמפיין הבחירות לראשות הממשלה.
ברק התחייב בפני מקורביו ללכת לפגישה עם רובינשטיין, כדי במטרה לשכנעו להימנע מהגשת כתבי אישום נגד אנשיו. הערכות של הנוגעים בדבר הן: מאוחר מדי, ומעט מדי. וכן: ברק לא יכול לסייע עתה לאנשיו (הרצוג, כהן וזילברשטיין), בגלל ששמרו על זכות השתיקה.
