האפיפיור בנדיקטוס ה-16 יגיע לכותל המערבי ללא המטה אותו הוא נוהג לקחת. רב המקומות הקדושים, שמואל רבינוביץ, עמד על כך שהמטה, שהוא סמל נוצרי מובהק, לא יוכנס למקום הקדוש. כן התבקש האפיפיור שלא לענוד צלב, כפי שעשה קודמו יוחנן פאולוס השני.

לדרישת הרב רבינוביץ, לא ייסגר האתר לתפילת יהודים בעת הביקור. הביקור תוזמן ליום שלישי שבו אין קריאה בתורה ויהודים לא חוגגים בר מצווה. כמו-כן תוזמן הביקור לשעת לפני צהריים שאינה מוגדרת כזמן תפילה בשל מיעוט המבקרים בה.

האפיפיור צפוי להטמין פתק בין אבני הכותל המערבי, ובניגוד לפתק שטמן האפיפיור הקודם, יהיה זה פתק סגור. בפתק שנכתב מראש אותו כתב בזמנו יוחנן פאולוס השני, "אלוהי אבותינו, אתה בחרת באברהם וצאצאיו להביא את שמך אל העמים. אנו נעצבים עמוקות על התנהגותם של אלה שלאורך ההיסטוריה גרמו סבל לילדיך אלה ומבקשים את מחילתך. ברצוננו להתחייב לאחווה אמיתית עם אנשי הברית. ירושלים 26 מרס 2000".

בקרן למורשת הכותל המערבי, המופקדת על תחזוקת האתר, מתכוונים ליטול את הפתק מיד, כדי להבטיח שאיש לא יוכל לקרוא את תוכנו כפי שקרה בעת ביקורו של ברק אובמה, בעת שזה ביקר בישראל במסגרת מסע הבחירות לנשיאות ארה"ב.

הרב הראשי לישראל יונה מצגר אמר לקול ישראל כי הוא מצפה מהאפיפיור להוביל את הורדת מפלס האנטישמיות בעולם, באמצעות הכרזה על כך שכל גילוי אנטישמיות יגונה על-ידי הכנסיה, וכן להוציא מהכנסייה כמרים שהם מגבים אנטישמיות.

בתוך כך נמסר כי בנדיקטוס ה-16 צפוי להיוועד מחר גם עם בני משפחתו של החייל החטוף גלעד שליט. את הפגישה יזם נשיא המדינה שמעון פרס, והיא תתקיים במשכן נשיאי ישראל. בבית הנשיא מייחסים חשיבות רבה לפגישה בין האפיפיור למשפחת שליט מאחר שהאפיפיור, המייצג מעל למיליארד וחצי מאמינים, מקיים באופן קבוע סיורים וביקורים ברחבי העולם, נפגש עם מנהיגים וראשי הדתות ויכול לסייע במאבק להשבת שליט לביתו.