נשיא המדינה, שמעון פרס, סיכם (יום ב', 29.6.09) את ביקורו באזרביגאן, ביקרו ממלכתי ישראלי ראשון במדינה, וערב יציאתו לקזחסטאן אמר: כי הוא מודה לאזרביג'אן על הכנסת האורחים החמה.
"אזרביג'אן הוכיחה כי היא ידידת אמת של ישראל ואני שמח כי חרף האיומים הכבדים שהגיעו אליה מאירן, כדי לבטל ולפגוע בביקורי, אזרביג'אן לא נכנעה והחליטה להעמיק את קשריה האסטרטגים עם ישראל", אמר הנשיא.
את יומו האחרון באזרביג'אן ניצל הנשיא פרס להנחת זרים על קברו של מייסד אזרביג'אן, הנשיא היידר אליאב ולפתיחת פורום עסקים ישראל-אזרביג'אן, יחד עם הנשיא אליאב בהשתתפות אנשי עסקים ישראלים, אזרים ושרי התשתיות, המדע והתמ"ת הישראלים ועמיתיהם מקזחסטאן.
במעמד זה קרא הנשיא האזרי לאנשי עסקים מישראל לבוא ולהשקיע בכלכלת אזרביג'אן. "אנחנו זקוקים לידע ולטכנולוגיות הישראליות המתקדמות", אמר הנשיא והוסיף כי מדינתו החליטה על חיזוק יחסיה האסטרטגיים עם ישראל במגוון רחב של נושאים כלכליים, מדיניים וביטחוניים".
עם סיום פורום העסקים נשא הנשיא נאום והופיע בפני מאות סטודנטים מוסלמים מאוניברסיטת באקו. במעמד זה הפתיעו תלמידי ביה"ס לשפות ומזרח תיכון את הנשיא ופנו אליו בשאלות בעברית תקינה אודות המצב במזרח התיכון, אירן ותהליך השלום בין ישראל לפלשתינים.
נשיא המדינה שב והבהיר כי פני ישראל לשלום. "ראש הממשלה נתניהו אמר כי הוא מוכן לפתוח מייד במו"מ מדיני מואץ עם הפלשתינים ותומך בעקרון שתי מדינות לשני עמים, כולל קידום שלום אזורי בין ישראל למדינות ערב במזה"ת... ישראל מחפשת שלום", אמר הנשיא פרס, "ואילו אירן מחפשת מלחמה".
לדבריו, מה שקורה באירן חושף את פרצופה האמיתי. "ישראל אינה מעריצה של אחמדינג'אד, גם לא של חומייני, העם האירני אינו אויב שלנו. העם באירן מוחה נגד ההנהגה שלו אשר מונעת ממנו את הזכות לחופש ולשלום".
עוד אמר הנשיא כי אין לישראל שום בסיס הידברות עם ההנהגה האירנית "שקראה למחוק את ישראל מעל המפה"
בסיום ביקורו ביקר הנשיא בבית הכנסת בבאקו והופיע בפני מאות חברי הקהילה היהודית באזרביג'אן שם שב וחזר על חשיבות ביסוס הקשרים בין אזרביג'אן לישראל.
