התחקיר המבצעי שערכה שייטת 13 בעקבות ההשתלטות על המשט הבינלאומי לרצועת עזה מצביע על ליקויים בהיערכות צה"ל לפעולה, במיוחד בתחום המודיעין, ובהערכות המבצעיות לקראת הפעולה. בין היתר נקבע כי נמצאו ליקויים בדרך הפעלת הכוח בכל הדרגים ותקלות בהיערכות אל מול האיומים.
על-פי התחקיר, חיילי שייטת 13 לא ציפו להתנגדות עם חמושים על סיפון הספינה מאווי מרמרה.
"לא מדובר בפעולה חשאית - מדוע היא נעשתה בחושך ולא באור יום?", עלתה תמיהה מן התחקיר. כמו-כן נשאלו הלוחמים ומפקדיהם מדוע לא ניצלו את גורם ההפתעה או פעלו באופן יצירתי יותר. בין ההצעות האפשריות שלא נעשה בהן שימוש, הייתה השתלטות על סיפון הספינה לאחר ירי מים מזרנוקים על הפעילים שנמצאים על הסיפון. "היה צורך בשימוש ברימוני גז, זרנוקי מים. הכוח היה צריך לרדת למשטח נקי", אמר גורם צבאי.
בתוך כך נמסר מצה"ל כי
חיל הים נערך למשטים האמורים לצאת בקרוב מלבנון ומאירן לחופי עזה. גורמי ביטחון אמרו כי מאחורי המשט מלבנון עומד חיזבאללה במסווה של ארגונים הומניטריים. בחיל הים הדגישו כי הופקו לקחים מן ההשתלטות על המשט הקודם ומדגישים כי לא יאפשרו לספינות להתקרב לרצועת עזה.
