לאגף המכס ברשות המיסים יש סמכות לבדוק מטענים הנכנסים ארצה לא רק על-מנת לגבות את המיסים הנובעים מהם, אלא גם לצורכי ביטחון. כך קובעת שופטת בית השלום בירושלים,
שירלי רנר.
המוכסים במעברי הגבול מטפלים גם בבדיקות הביטחוניות של המטענים הנכנסים לישראל, על-פי הנחיותיהם המקצועיות של גורמי הביטחון. הדבר רלוונטי במיוחד במעברי הגבול המשמשים את הרשות הפלשתינית במישרין ובעקיפין, שם כבר גילו המוכסים נשק וציוד אחר שנועד לארגוני טרור.
החלטתה של רגר ניתנה בתביעה שהגישה חברת ברק פלסטיקה ושיווק נגד רשות המיסים, לאחר שזו עיכבה מטענים שלה מנימוקים ביטחוניים. הרשות ציינה, כי ברק ייבאה 50 מטענים שנועדו לרשות הפלשתינית בשנים 2003-2005, אבל רק בשבעה מהם דיווחה כחוק על יעדם האמיתי.
הטענה המרכזית של ברק היתה, כי סמכותם של המוכסים לבדוק מטענים מוגבלת למטרה אחת: גביית המיסים החלים עליהם. רנר דחתה טענה זו, תוך ניתוח החקיקה הרלוונטית.
על-פי סעיף 3 לפקודת המכס, "המנהל יהא ממונה על ניהול העניינים לפי פקודה זו". הכוונה היא למנהל אגף המכס והבלו, אשר רשאי לאצול מסמכויותיו לפקידי המכס. עניינים אלו כוללים, על-פי הפרק הרביעי של הפקודה, את נושא "ייבוא הטובין", כאשר סימן א' לאותו פרק עוסק ב"ייבוא אסור וייבוא מוגבל".
רגר מציינת, כי הסמכות הכללית של פקידי המכס לצורך הפקודה מוסדרת בפרק 12, ובין היתר נאמר בו: "פקיד מכס רשאי, על אחריותו של בעל הטובין, לפתוח אריזות או לדרוש מבעל הטובין שהוא יפתח אותן; ורשאי הוא לבדוק, לשקול, לסמן ולחתום טובין הנתונים לפיקוח המכס, והוצאות הבדיקה, לרבות ההוצאות לסילוק הטובין אל מקום הבדיקה, יחולו על בעל הטובין".
בהוראה זו, מדגישה רנר, אין כאמור כל אזכור של תכלית הבדיקה. "כעולה מסמכות המנהל שהואצלה לפקידי המכס, תכלית זו כוללת פיקוח על כל העניינים המוסדרים בפקודה, לרבות ייבוא אסור או מוגבל בהתאם לדרישות מסוימות.
"... כיוון שהסמכות לבדוק חלה גם על טובין שייבואם אסור או מוגבל, מסתברת המסקנה, כי בסמכות המכס לבצע את אותן בדיקות הרלוונטיות לתכלית האיסור או ההגבלה. על העברת טובין לשטחי יהודה, שומרון וחבל עזה חלות הגבלות שעניינן בין היתר העברת כלי נשק או חומרים העשויים לשמש לייצורם.
"כשם שלמכס הסמכות לבדוק האם ייבוא מוצרים מסוימים עומד בדרישות משרד הבריאות או החקלאות או אינו מנוגד להוראות החוק הפלילי, כך למכס הסמכות לבדוק האם יבוא מוצרים שיעדם הסופי ברשות מהווה או שאינם מהווה סיכון ביטחוני", קובעת רנר.