היועץ לביטחון לאומי, אפרים הלוי, הגיש את התפטרותו (יום א', 22.6.03) לראש הממשלה, והוא יסיים את תפקידו ב-1 בספטמבר. הלוי החליט על התפטרותו, לאחר שחש כי שרון מתעלם מהמלצותיו ולא משתף אותו בתהליכים המדיניים.
כזכור, הגיש הלוי את התפטרותו בחודש מאי, אך ראש הממשלה עיכב את קבלתה, והפציר בהלוי להמתין עם החלטתו הסופית. הלוי עומד בראש המועצה לביטחון לאומי (המל"ל) אשר הוקמה ב-1999, בעת כהונתו של בנימין נתניהו בראשות הממשלה.
ראש הממשלה, אריאל שרון, קיבלו היום את בקשתו של ראש המועצה לביטחון לאומי לשחררו מתפקידו. על דעת ראש הממשלה וראש המועצה לביטחון לאומי סוכם, כי אפרים הלוי יסיים את תפקידו ב-1 בספטמבר 2003. ראש הממשלה הודה לאפרים הלוי על שירותו רב השנים ותרומתו לביטחון למדינת ישראל.
בעבר לא היססו במערכת הביטחון לבקר את המל"ל, על-מנת שלא להפסיד סמכויות אשר יועברו לגוף זה. מעבר לכך, נתקל הלוי בתפקידו בחומות נוספות, כאשר בכניסתו לתפקיד מוקם משרדו הרחק מזה של ראש הממשלה וממשרדו של מנהל לשכת ראש הממשלה, עו"ד דב וייסלס. זה האחרון היה מעורב בתהליך המדיני עם הפלשתינים, ובמערכת היחסים של ישראל עם ארה"ב - תחום שהיה נתון קודם לכן בידי הלוי.
בעל תפקיד נוסף העוזב את משרד ראש הממשלה, הוא מנכ"ל המשרד, אביגדור יצחקי. יצחקי הודיע לשרון על התפטרותו - מסיבות של בריאות, כטענתו. הוא יסיים את תפקידו בקרוב, מייד לכשיימצא לו מחליף.
