ועדת החוקה חוק ומשפט של הכנסת קיימה (יום א', 22.6.03) דיון בנושא הפרת זכויות אדם במסגרת המלחמה בטרור. לישיבה הוזמנו גורמים צבאיים וגורמים ממשרד המשפטים, כדי להשיב על שאלות חברי הוועדה, ולהציג את הנתונים אודות מקרים חריגים שבהם לא נשמרו זכויות אדם.
יו"ר ועדת החוקה, ח"כ מיכאל איתן, טען כי ועדת החוקה פועלת לקידום מניעת מחדלים במהלך המלחמה נגד הטרור, כשמנגד קיימים שני מושגים סותרים: "שמירה על כבוד האדם וחירותו"; מול "הקם להורגך השכם להורגו".
אלוף פיקוד מרכז משה קפלינסקי ציין, כי היקף הפעילות של צה"ל בשטחים גדולה: בפיקוד מרכז ישנם 25 מחסומים קבועים שמתוחזקים על-ידי 1,000 חיילים. יחד עם זאת, ישנם מחסומי פתע רבים, זאת בעקבות התרעות על פיגועים. 25 מעצרים מתבצעים מידי לילה ובמהלכם נדרשים החיילים לפקוד בין 100-75 בתים. לטענתו, כמות החריגים היא "בטלה בשישים" ביחס להיקף הפעילות שמתבצעת על-ידי צה"ל מידי יום.
יחד עם זאת, ישנן תלונות אשר מוגשות לפיקוד מרכז, ובהן דיווח על מקרים חריגים שבהם לא נשמרה זכות יסוד: כבוד האדם וחירותו, ובניגוד לנהלים. ישנן 114 פניות של גורמים חיצוניים, מתוכן 27 טרם נבדקו. האלוף קפלינסקי מסר, כי צה"ל נעזר ב'מקרים' הללו כדי לבחון את הפעילות המבצעית, למשל: נוהל פתיחה באש.
במטרה להתמודד עם הביקורת מונהגת שיטה שלפיה מחולקים שאלונים אנונימיים בעמדות צה"ל במחסומים, שמטרתם: דיווח על תופעות חריגות. בפני תושבי השטחים הערביים ניתנת אפשרות להתלונן בפני שוטר שנמצא ב'מנהל האזרחי' במקום מגוריהם.
הפרקליט הצבאי הראשי, תא"ל מנחם פינקלשטיין, אמר כי "אינני מתיימר להציג תמונה ורודה". צה"ל מתקשה לחקור את כל אירוע הירי, שכן נדרשת הפעלת גורמים רבים בעת: נתיחת הגופה, איסוף עדויות, תחקיר ועוד. במהלך התקופה האחרונה נפתחו 360 חקירות מצ"ח, עקב תלונות תושבי השטחים וגופים למען הגנה על זכויות האדם.
אופי התלונות הן: עבירות רכוש, אלימות, ירי, השפלה ומחדלים בעת העברת עצורים לחקירה והתנהגות במחסומים. מתוכן 44 כתבי אישום כנגד ירי, 23 כתבי אישום כנגד עבירות רכוש ו-14 עבירות אלימות.
האלוף קפלינסקי ציין עוד, כי ישנה טענה כי קיימת חסינות לחיילים בפני העמדה לדין. הטענה הזאת, לדבריו, אינה נכונה שכן מוגשים הרבה כתבי אישום כנגד עבירות או התנהגויות שאינם בהתאם למדיניות 'טוהר הנשק'. כל פניה זוכה לטיפול כל גוף שפנה אלינו זכה לפגישה כמו ארגוני "בצלם" ו"האגודה לזכויות האדם".
מח"ט הנח"ל נועם תיבון טען, כי מקרים רבים מגיעים לטיפול בפני המפקדים עקב תלונות של חיילים כנגד חיילים אחרים. מתברר, כי צה"ל משתדל להקטין את הפגיעה בזכויות אדם ולהגדרתו, מנהיג מדיניות 'הומניטרית' כלפי התושבים.
במסגרת הדרכה כללית שמוענקת לכלל החיילים משתדלים לדאוג לכך, שבכל מחסום יהיה נוכח איש מילואים או מתנדב מבוגר כסמכות בוגרת במקום. מערך ההדרכה של צה"ל עורך ימי עיון וסדנאות חינוך לחיילים, תוך דגש על טוהר הנשק וכבוד האדם וחירותו. במהלך אותם מפגשים, מוקרנים סרטי הדרכה שנשענים על 'תיקים' אמיתיים.
עו"ד עירית קהאן ממשרד המשפטים ציינה, כי ממשלת בלגיה, אשר מבקשת להעמיד לדין פושעי מלחמה, ובתוך כך את ראש הממשלה אריאל שרון, פועלת על-פי אמנת רומא. מתברר, כי בלגיה נקלעה לקשיים בשלב ההוכחה - הצגת ראיות מוצקות שעל בסיסן תוכל להעמיד לדין. לדברי קהאן, הבעיה תתעורר כאשר בית המשפט בבלגיה יפעל להעמיד חייל ישראלי, בעל אזרחות מדינה אירופית שנוהגת על-פי אמנת רומא ומחויבת בהסגרה לבית המשפט הבינלאומי בבלגיה בגין פשעי מלחמה.
יש להדגיש, כי ארה"ב משכה את חתימתה מ'אמנת רומא' עקב הכרזתה על מלחמה כוללת עולמית בטרור בעקבות אירועי 11 בספטמבר. ישראל הבחינה בכך, ומשכה גם היא את חתימתה על האמנה, וכיום היא אינה מחויבת לנהוג על-פיה, שכן, ישראל אף היא הכריזה על עצמה שהיא פועלת במסגרת 'המלחמה נגד הטרור'.