לצד ה"פתרון" שהושג בסוגיית רשויות התחבורה, שוררת בין הצדדים מחלוקת מהותיות בסוגיית המקורות התקציביים לפרק התחבורה הציבורית בדוח. ועדת טרכטנברג המליצה לחייב את משרד התחבורה במימון 50% מרפורמת חיזוק התחבורה הציבורית והגברת נגישותה לפריפריה.

מדובר בתוכנית הכוללת בין היתר את הורדת תעריפי הנסיעה באוטובוסים וברכבות לזכאי ביטוח לאומי ולסטודנטים, הגברת האוטובוסים בקווים האזוריים והמקומיים ב-33%, הגברת תדירות האוטובוסים למכללות, למוסדות דיור מוגן, לישובים כפריים ופריפריאליים, הגברת האכיפה בנתיבי תחבורה ציבורית, וכן הוספת מערכות מידע אלקטרוני בתחנות האוטובוס ובאינטרנט.

עלות התוכנית לחומש הקרוב נאמדת ב-2.5 מיליארד שקל, שבהם אמורים לשאת באופן שווה משרדי האוצר והתחבורה. אלא שכ"ץ מתנגד למימון התוכנית מתקציב משרדו, שמשמעותו היא גריעה של 1.25 מיליארד שקל מתקציב הכבישים של המשרד לחומש הקרוב.

כ"ץ, עם זאת, סירב נחרצות להסכים לקיצוץ הפרויקטים, גם במחיר קיצוצה של התוכנית לשדרוג התחבורה הציבורית.

כהצעת פשרה, הציע כ"ץ לאוצר לקצץ מחצית מן הרפורמה המתוכננת בתחבורה הציבורית ולתקצב כעת רק את מחציתה - במימון האוצר - ולממן את היתרה מתקציב משרדו לאורך השנים הבאות, "בהתאם לצורך שיתגלה בעתיד". ואולם, האוצר צפוי לסרב להצעה זו, הן משום התועלת החברתית הטמונה בשדרוג התחבורה הציבורית, והן משום התועלות הכלכליות שברפורמה למשק, הנאמדות לפי ועדת טרכטנברג ב-400 מיליון שקל מדי שנה.

אלא שבינתיים, נודע כי קיצוץ זה אינו הגדול שבפניו יעמדו בקרוב תוכניות הפיתוח של משרד התחבורה.

ל-TheMarker נודע כי באחרונה נחשפה חריגה מהותית באומדני תוכנית "נתיבי ישראל", שאישרה הממשלה רק בפברואר 2010. מדובר בתוכנית לרישות הארץ בכבישים ובמסילות רכבת אושרה בפברואר 2010 בעלות כוללת של 27.5 מיליארד שקל, שיתפרשו לאורך העשור הקרוב. ואולם, סכום של 11.2 מיליארד שקל מתוכנית זו יועד עבור רכבת ישראל, לצורך רכש ציוד נייד (רכבות), הקמת מתחמי תחזוקה ולצורך מימון פרויקט החישמול של מסילות הרכבת ברחבי הארץ.

באחרונה מצאה חברת רכבת ישראל כי התקציב שנקבע בהחלטת הממשלה התברר כלא ריאלי, ועומד לפי אומדנים מעודכנים על 14.7 מיליארד שקל. זאת, משום שבהחלטת הממשלה על התקציב לא שוכללה כלל עלות הקמת מתחמי התחזוקה במיליארדי שקלים.

לפיכך נדרש בימים אלה משרד התחבורה לקצץ מן התוכנית סכום של 3.5 מיליארד שקל. במהלך דיונים שקיימו משרד התחבורה ואגף התקציבים בנוגע לחריגה, הועלו בידי האוצר מספר חלופות אפשריות לקיצוץ הנדרש. בין היתר, באמצעות קיזוז שניים מן הפרויקטים שמקדם המשרד במסגרת תוכנית "נתיבי ישראל". האחד - פרויקט להארכת כביש חוצה ישראל (כביש 6) דרומה, מצומת מאחז ועד לצומת הנגב (קטע 21). מדובר בשלושה מקטעים באורך כולל של 46 ק"מ, המיועדים לביצוע בתקציב המוערך כיום ב-1.5 מיליארד שקל. המקטע הראשון בקטע 21, בין צומת מאחז ללהבים, כבר אושר סטטוטורית ועומד לפני פרסום מכרזי קבלנות לביצועו.

הפרויקט השני שקיצוצו נדון הוא המקטע האחרון בפרויקט רכבת העמק - מעפולה לבית שאן. מדובר בקטע האחרון של הפרויקט, שהאוצר התנגד נחרצות לתקצובו במסגרת תוכנית "נתיבי ישראל" בטענה להיעדר כדאיות כלכלית. עלות הפרויקט כולו - שישתרע מצומת הצ'ק פוסט בחיפה לאורך 60 ק"מ - מוערכת ב-4.1 מיליארד שקל.

יש לציין כי אין מדובר בפעם הראשונה שבה מתבררת חריגה באומדני הפרויקטים של רכבת ישראל. לפני ארבע שנים חשף TheMarker חריגה של שבעה מיליארד שקל מתקציב החומש של הרכבת - אשר רובה נבעה מאומדנים לא ריאליים שיוחסו לפרויקט הקו המהיר לירושלים.