משהו מאוד מוזר קרה בפרויקט הנתיב המהיר בכניסה לתל אביב: הכוונה המקורית הייתה שהמדינה תשלם לזכיין 100 מיליון שקל, בעוד בסופו של יום התחייב הזכיין לשלם למדינה 182 מיליון שקל. אומנם לכאורה המדינה הרוויחה בגדול, אבל
מבקר המדינה מציין שלא מצא שום תיעוד שיסביר את תופעת הטבע הזו.
משרדי האוצר והתחבורה החלו לקדם את הפרויקט ובכלל זה פרסמו מכרז לביצועו עוד לפני שהושלמה מלאכת החקיקה שעליה התבססו תנאי המכרז. היה בכך כדי לסכן, מבחינה הכלכלית והמשפטית, את הליך המכרז ואת יישום הפרויקט, גם אם בפועל סיכון זה לא התממש.
בעת שהוחל בגיבוש הפרויקט להקמת הנתיב המהיר, בשנת 2002, כל הגורמים שקידמו את המכרז, ובהם מתכנני הפרויקט, משרד האוצר ו
משרד התחבורה, היו ערים לכך שכביש מס' 1 (ת"א-ירושלים) חופף בחלקו לתחום רצועת מסילת הרכבת, וכי הפעלת הנתיב המהיר בתוואי זה עלולה לפגוע בפיתוח תוואי עתידי של מסילת רכבת בין צפון הארץ לדרומה. אף על-פי כן, משרד האוצר ומשרד התחבורה, פעלו להקמת הנתיב בלי שניסו למצוא פתרון יסודי לבעיה. במקום זאת הם התחייבו להוציא סכומים גדולים להעתקת חלק מהנתיב המהיר בעת שיוחלט להקים את המסילה הרביעית, בלא שציינו את מקור התקציב שיידרש למימון העתקתו.
משרד האוצר ומשרד התחבורה פרסמו את המכרז לסלילת הנתיב המהיר בלי שחלקים מכביש מס' 1 הנמצאים בשטח הפרויקט הוסדרו מהבחינה התכנונית והסטטוטורית. הדבר גרם להפסקת העבודות ולסכסוך בין הזכיין ובין המדינה, וכתוצאה מכך להגדלת רשת הביטחון לזכיין מעבר למתוכנן.
הנהנים העיקריים מהנתיב הם כלי רכב המגיעים מכיוון ירושלים, מודיעין, רמלה ולוד המתחברים לכביש מס' 1 לפני מחלף שפירים. לנהגים המבקשים להשתלב בנתיב המהיר מכביש 412 מצפון או מכביש 4 מצפון או מדרום וכלי רכב שיוצאים מנתב"ג, אין גישה ישירה לנתיב זה. עקב כך נפגע פוטנציאל השימוש בנתיב והכנסותיו.
במתחם "חנה וסע" ניתנים שירותי הסעות בשני קווים בלבד: קו סובב הקריה בתל אביב וקו למתחם הבורסה ברמת גן. אין במתחם מערכת הסעה לנוסעים שצריכים להגיע למקומות המרכזיים אחרים בתל אביב כגון התחנה המרכזית, והדבר מצמצם את מספר הנוסעים שכדאי להם להחנות במתחם ולנסוע בנתיב המהיר באמצעות ההסעות.
בספטמבר 2009, במסגרת אישור הקטע הסופי של הנתיב המהיר, התנתה הוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה את קידום התוכנית בכך שהמדינה תתחייב לתת לה שיפוי מלא על סכום הפיצויים שתידרש לשלם בעתיד לגורמים שייפגעו מביצוע הפרויקט. משרד האוצר ומשרד התחבורה הסכימו לדרישת הוועדה, בלי שבדקו ביסודיות את היקף הפיצויים שיצטרכו לשלם.
