במהלך שנות ה-90 ערכה פקיסטן מחנה אימונים בשטחה עבור חברי ארגון אל-קאעידה, בו השתתפו גם מקורבים של אוסאמה בן-לאדן - כך מגלים מסמכים סודיים של סוכנות ביון ההגנה (PIA) של משרד ההגנה האמריקני. בהארץ פורסם, כי המסמכים, שנכתבו על-ידי מומחי סוכנות הביון של הפנטגון לאחר ה-11 בספטמבר, נחשפו לאחרונה בארה"ב מכוח חוק חופש המידע, לבקשת ארכיון הביטחון הלאומי.
עוד בהארץ: על-פי המסמכים נרצח מנהיג הטליבן באפגניסטן, אחמד שאה מסעוד, על-ידי שליחיו של בן-לאדן ב-9 בספטמבר 2001, בטרם התרסקו המטוסים בבנייני התאומים בניו יורק, בפנטגון ובפנסילבניה.
מסעוד, מנהיג "הברית הצפונית", שנחשב לכוח ההתנגדות היחיד המסוגל להתמודד עם הטאליבן באפגניסטן, נרצח משום שהגיע אליו מידע כי אל-קאעידה - שפעלו בחסות הטאליבן - זוממים לבצע פיגוע גדול. במסמכים נכתב, כי למסעוד נודע "משהו" לגבי התוכניות, והוא "החל להזהיר את המערב".
על-פי המסמכים, מעורר מחנה האימונים שהוקם באפגניסטן, כאמור, "שאלות נוקבות" לגבי הקשרים המוקדמים בין המודיעין הפקיסטני לבן-לאדן. ב-1998 נורו טילים אמריקנים לעבר מחנה האימונים, בעקבות ההתקפות של אל-קאעידה על שגרירויות ארה"ב בקניה ובטנזניה, שבהן נהרגו כ-250 בני אדם.
המסמכים מטילים אור חדש על מעורבותה של פקיסטן באפגניסטן.