חקירת המשטרה הצבאית החוקרת (מצ"ח) בפרשת הרפז תהיה משמעותית ביותר ותעסוק במלוא המסכת העובדתית של הפרשה. כך אומרת המדינה (יום ה', 21.3.13) לבג"ץ, בתגובה לעתירת אומ"ץ שביקשה להורות על חקירת הפרשה בידי המשטרה.
לדברי הפרקליטות, יש לסמוך על שיקול דעתו של היועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין, אשר לאחר בחינה מקיפה של החומר החליט להעביר את הפרשה לחקירת מצ"ח. אין המדובר באחד מהמקרים הנדירים בהם יתערב בית המשפט העליון בשיקול דעתו של היועץ, ודאי לא כאשר התיק לא נסגר אלא הועבר לחקירת הגורם המוסמך, מוסיפה הפרקליטות.
התגובה אינה מסבירה מה היו שיקוליו של וינשטיין, אלא רק אומרת מספר פעמים שהוא בחן את החומר והחלטתו סבירה. לדברי הפרקליטות, וינשטיין הגיע למסקנה שקיים רק חשד לזיוף המסמך בידי
בועז הרפז, ואין חשד סביר לביצוע עבירות של הפרת אמונים בידי
אהוד ברק,
גבי אשכנזי ו/או
ארז וינר. הוא סבור שיש חשד לעבירה צבאית של התנהגות שאינה הולמת, ולכן הורה להעביר את הנושא לטיפול מצ"ח.
"החלטת היועץ המשפטי לממשלה תוביל לחקירה משמעותית ביותר של מלוא המסכת העובדתית שעומדת בבסיס הפרשה (דוח
מבקר המדינה וחלק ניכר מהחומרים שעמדו בפני מבקר המדינה). כן תאפשר ההחלטה הרחבת החקירה, ככל שחקירת מצ"ח תצביע על עובדות שישנו את התמונה העובדתית שעמדה בפני היועץ המשפטי לממשלה, ויצביעו על חשד לקיומן של עבירות נוספות", אומרת הפרקליטות. לבסוף מציינת המדינה, כי בניגוד לנטען בעתירה - לחוקרי מצ"ח יש סמכות לחקור כל אדם, ולא רק מי שמשרת בצה"ל.
התגובה הוגשה בידי סגנית מנהלת מחלקת הבג"צים בפרקליטות, עו"ד דנה בריסקמן, ובידי עו"ד מיכל מיכלין-פרידלנדר.