בועז הרפז עסק "בהפצת מצגת מכפישה בגנותו של שר הביטחון ברק ברשת האינטרנט; באיסוף מידע מביך אודות אלוף בכיר במטה הכללי ובהעברת המידע לגורמים שונים; בחדירה למחשבי חברת התעופה אל-על מתוך מטרה פסולה להשיג נתונים אישיים על אשת שר הביטחון ברק, גב' נילי פריאל, ועל נקודות 'הנוסע המתמיד' שלה". כך טוענים העיתונאים דן מרגלית ורונן ברגמן.

מרגלית וברגמן הם מחברי הספר "הבור" על פרשת הרפז, בעקבותיה הגיש הרפז תביעת לשון הרע נגדם ונגד הוצאת כנרת-זמורה-ביתן שפרסמה את הספר. כתב ההגנה של מרגלית וברגמן הותר לפרסום (יום ג', 3.9.13) לאחר שנמחקו ממנו פרטים מטעמים של בטחון המדינה.

לדברי מרגלית וברגמן, טענתו של הרפז לפגיעה בשמו הטוב היא עזות מצח לנוכח הממצאים החמורים של מבקר המדינה בעניינו, לפיהם עסק באופן פעיל בהכפשתו של השר דאז אהוד ברק, וסייע בכך ללשכתו של הרמטכ"ל דאז, גבי אשכנזי. לטענתם, הרפז ביצע עבירות ביטחון שדה חמורות בנוסף לאלו שהביאו להפסקת שירותו במערך המודיעין. הם מזכירים, כי המבקר מצא שלמרות זאת המשיך הרפז להיחשף לחומר מסווג, בלא שיהיו לו ההרשאות המתאימות.

"התובע סייע לבכירים במשרד הביטחון ובצה"ל הן בקידומם בתפקיד, הן בשיבוץ מקורביהם ליחידות שונות בצה"ל והן בקידום אינטרסים אחרים שלהם", נטען בכתב ההגנה. "התובע סיפק לבכירים בצה"ל ובמשרד הביטחון אמצעים מבצעיים ואחרים לשימושם הפרטי. בתמורה לכך גמלו אותם בכירים לתובע במתן טובות הנאה ודריסת רגל בקבלת החלטות בצה"ל ומערכת הביטחון, אף לאחר שהורחק ממערך המ"מ ושוחרר מצה"ל".

לדברי מרגלית וברגמן, "המערכת נהגה כלפי התובע בסלחנות יוצאת דופן ובכיריה התגייסו לצידו. זאת, למרות העבירות החמורות שביצע, הסיכון הביטחוני שגרם בשורה של מקרים והכשלים שנמצאו בהתנהלותו. הנתבעים יטענו בנוסף כי מדובר בהבעת דעה מובהקת, בגדר מתחם הסבירות, לנוכח הסלחנות בה נהגו הצבא ומערכת הביטחון כלפי התובע. הקורא הסביר בוודאי מבין כי מדובר בביקורת ציבורית לגיטימית".

מרגלית וברגמן אומרים עוד, כי הם פנו מספר פעמים להרפז, אך הלה סירב להגיב על הפרסום העתידי - דבר האומר דרשני. "התובע יצר לעצמו תדמית של אדם בלתי אמין בעליל, זייפן וחתרן (בין היתר), ולפיכך אין לו שם טוב, ובכל מקרה הוא אינו זכאי לפיצוי כלשהו", הם מסכמים. כתב ההגנה הוגש בידי עוה"ד רון ברקמן, דוד זילברבוים, יפעת מרום ויאיר לדר.