מנכ"ל נתיבי איילון לשעבר, שי ברס, העסיק חברה בבעלות קודמו בתפקיד המנכ"ל, יהודה בר-און, כיועצת לחברת נתיבי איילון. חברת CIS בבעלות בר-און ניהלה ותיאמה את ביצוע הארגון-מחדש בתחבורה הציבורית בגוש-דן.
ההתקשרות למסירת עבודת ניהול הפרויקט לחברת CIS ביוני 2010 נעשתה שלא בהתאם להוראות תקנות חובת המכרזים. נתיבי איילון התייחסה להתקשרות כאל התקשרות המשך, אף שמדובר בהתקשרות מסוג אחר, ולפיכך לא התקיימו הנסיבות הנדרשות להתקשרות המשך, דהיינו שמירה על אחידות מטעמי חיסכון ויעילות.
קודם ההתקשרות עם היועץ לניהול הפרויקט ביוני 2010 לא פנתה נתיבי איילון אל מציעים פוטנציאליים לקבלת הצעות, היא לא עשתה השוואה עם מציעים אחרים ולא בדקה את התאמתה של חברת הייעוץ לעבודה הנדרשת.
יתר על כן, במרס 2011, בעת אישור הארכת ההתקשרות והגדלת היקפה הכספי בפעם השנייה, נתיבי איילון הייתה ערה לכך שמדובר בהתקשרות שונה מההתקשרות הראשונה, ולמרות זאת היא הסתמכה על אישורה של ועדת המכרזים להמשך ההתקשרות על-פי פטור בגין התקשרות המשך. על האישורים להמשך ההתקשרות היה חתום המנכ"ל שי ברס.
נמצא גם כי שכר הטרחה של חברת CIS לכל התקופה מינואר 2010 עד סוף 2011 הסתכם ב-3.4 מיליון ש"ח - גבוה ב-476% משכר הטרחה שנקבע בחוזה המקורי.
בהסכם נקבע גם תשלום קבוע של 150,000 ש"ח לחודש בלי שחברת CIS נדרשה להגיש חשבון מפורט של שעות העבודה שעבדו עובדיה בפועל והתפלגותן על-פי היועצים השונים, אף על-פי שחישוב שכר הטרחה לחודש בהסכם הסתמך על הערכת תשומות העבודה הצפויות לחודש.
בחברת נתיבי איילון טענו כי מדובר בפגם טכני בלבד. אולם
מבקר המדינה קבע שמדובר בפגם מהותי.