משרד התחבורה הנחה את
חברת קווים לספק שירות לנוסעים מתחנת הרכבת במודיעין במהלך התקופה בה לא תפעל הרכבת, בזמן העבודות לשיקום הנזק שנגרם למסילה.
מהיום (ב', 23.12.13) יופעל ממודיעין, ללא תשלום, שירות הסעיות של
רכבת ישראל ללא תשלום. מחר יופעלו האוטובוסים של חברת קווים, הפעם בתשלום. במקביל, רכבת ישראל תמשיך לספק שירות הסעיות אל/מתחנת נתב"ג.
נוסעים בעלי רב-קו גמיש 30 ורב-קו גמיש 7 יוכלו לקבל פיצוי מהרכבת באמצעות הטענת כרטיסם בסך כל ימי התקופה, בהם לא ניתן שירות רכבתי.
במהלך הסופה האחרונה, קרסה דופן של נחל שפירים, העובר מעל מסילת הרכבת אל תוך קטע המסילה והמנהרות בקו ת"א-נתב"ג-מודיעין. כתוצאה מכך, הוצפה המסילה בכמות של כ-250 אלף קוב מים, לאורך של כ-2.5 ק"מ, כאשר מפלס המים הגיע עד לגובה של כ-8 מטרים.
רכבת ישראל שאבה את מי הנחל שהציפו את המסילות במשך 5 ימים רצופים, 24 שעות ביממה, על-מנת לחשוף את המסילות ולהבין את ממדי האירוע והעבודות שיש לבצע על-מנת להכשיר את קטע המסילה לתנועת רכבות. לאחר סיום שאיבת המים, התברר כי ההצפה המסיבית פגעה קשות הן בתשתית המסילה והן במערכות החשמל והתקשורת.
כמות המים האדירה סחפה אדמה, קרקע ובוץ שהציפו את המסילות ופגעה באזורים מסוימים גם ביציבות הקרקע שמתחת למסילות. רכבת ישראל החלה בביצוע עבודות לשיקום המסילות, הכוללות בחלק מהקטע גם פירוק מסילות והחלפת חצץ. מדובר בעבודות מורכבות מכיוון שהן מתבצעות בחפיר וישנו קושי משמעותי בהעברתו של הציוד ההנדסי הכבד, שבהתאם לכך מורד לחפיר על-ידי מנופים.
לאורך הקטע שהוצף ישנן מערכות חשמל רבות, שחלקן הגדול יצא מכלל שימוש. בין השאר הוצף ונפגעו מבנה שליטה ובקרה (ששולט על התקשורת לכל אורך הקטע ועלות תיקונו כ-16 מיליון שקלים) ומערכות האיתות והתקשורת.
כתוצאה מקריסת נחל שפירים אל החפיר ומהצפת מנהרות הרכבת, נהרסו לחלוטין המפוחים לשחרור העשן במנהרות ויהיה צורך להחליפם.
שיקום המסילה והתשתית וביצוע העבודות לתיקון מערכות החשמל והתקשורת צפויים להימשך מספר שבועות.
בחברת רכבת ישראל מדגישים כי צוותים טכניים נערכו מבעוד מועד לסערה ברכבות הנוסעים ולאורך המסילות, ו"בזכות עבודה קשה ומסורה שלהם תוקנו תקלות במהירות ותנועת הרכבות הנוסעים פעלה בימי הסופה בצורה הטובה ביותר". לדברי הנהלת הרכבת, קריסתו של נחל שפירים היא אירוע מצער שפגע קשות בתפקודה של רכבת ישראל. "זהו אירוע שאין לחברה יכולת להיערך אליו ובוודאי שאין לרכבת ישראל כל אחריות לתחזוקת דפנות הנחל. עם זאת, החברה פעלה בצורה מיידית לחסימת דופן הנחל, לשאיבת המים וכעת אנו פועלים לשיקום המסילה, במטרה לחדש את השירות מהר ככל הניתן.