צה"ל מרכז כוחות גדולים באזור חלחול, אסר על הכניסה לעיירה והכריז עליה ועל סביבותיה כשטח צבאי סגור (יום ב', 30.6.14).
הרמטכ"ל
בני גנץ התייעץ בשטח עם אלוף פיקוד המרכז
ניצן אלון ועם קצינים בכירים אחרים.
כלי תקשורת פלשתינים דיווחו, כי למשפחות החוטפים נמסר, כי בתיהם ייהרסו עוד הלילה, ואכן כך נעשה. אחרי החוטפים, מרואן קוואסמה ועאמר אבו-עישה, ממשיך להתנהל מצוד. קוואסמה נעצר כבר בהיותו בן 18, נאסר מספר פעמים - האחרונה שבהן עד מארס 2012. עמאר נעצר לראשונה בנובמבר 2005 ומאז נעצר עוד פעמיים. אחיו נהרג בנובמבר 2005, בעת שניסה להשליך מטען חבלה לעבר כוח צה"ל. אביו נעצר בישראל כמה פעמים בגין פעילות טרור.
תגובתו של צה"ל עשויה להיות חריפה והיא תיקבע בידי הקבינט המדיני-ביטחוני שהתכנס לדיון בן שלוש שעות. בדיון לא התקבלו החלטות, בשל מחלוקת בין האגף הנצי לאגף המתון. ראש הממשלה,
בנימין נתניהו נפגש לפני הישיבה עם השר
נפתלי בנט ונפגש איתו גם אחריה, אולי בשל מחלוקת בין השניים. הקבינט יתכנס לישיבה נוספת.
הקבינט הפלשתיני התכנס אף הוא כדי לדון במהלכים הישראלים בעקבות ההתפתחויות ואיים בתלונה לאו"ם אם ישראל תתקוף. משטרת ישראל העלתה את רמת הכוננות לרמה ג' והודיעה כי היא תיערך לתת מענה לתרחישים השונים.
דובר חמאס בעזה, סמי אבו זוהרי, לא נטל אחריות למעשה, אך ציין כי מציאת הגופות היא הגרסה הישראלית, שנועדה להכשיר את הקרקע כדי לתקוף את החמאס.
על-פי הודעת שב"כ לאחר איתור הגופות, "בשעות אלה מתבצעות חקירות בשטח ונמשכות הסריקות באיזור. הארגון ממשיך במאמצים המודיעיניים והמבצעיים ללכידת כל המעורבים בפיגוע, ובכלל זה, שני המבוקשים החשודים כחוטפים ורוצחי הנערים".
אלוף פיקוד המרכז, ניצן אלון, אמר כי תימשך המשימה להגנת התושבים והודה לתושבי האיזור. הוא ציין שלצבא יש מידע רב מהשב"כ ומיתר גורמי המודיעין.
צה"ל תקף מן האוויר 34 יעדים ברצועת עזה (יום ג', 1.7.14), אך הדגיש שאין המדובר בתגובה לרצח הנערים אלא לירי הרקטות לעבר ישראל. הירי נמשך גם הלילה.