ראש השב"כ לשעבר, יובל דיסקין, מעריך כי המחלוקת בין שב"כ לצה"ל תגרום לנזק חמור. לדברי דיסקין, האווירה בין הארגונים וראשיהם משפיעה מאוד על רמת שיתוף הפעולה ועל התוצאות בשטח.

דיסקין מאשים את צה"ל ב"פטרונות ובצביעות תקשורתית". הוא כתב שהדבר בא לידי ביטוי במכתב התלונה של הרמטכ"ל נגד ראש השב"כ, ובו הוא מלין בין השאר על חשיפת סודות על-ידי השב"כ. הוא רומז כי צה"ל העביר בעבר לכלי תקשורת הקלטות מבצעיות שהיטיבו עם שר הביטחון משה יעלון, וחשפו פעילות מבצעית של צה"ל.

במסגרת בדיקת מבקר המדינה על מבצע צוק איתן, יבדוק המבקר יוסף שפירא את הנושא המודיעיני ואת הבדלי הגרסאות בין צה"ל לשב"כ. הבדיקה החלה בתום המבצע וכוללת בין היתר את ההיערכות למבצע, את תהליכי קבלת ההחלטות המבצעיות ואת סוגיית המנהרות.