שר החינוך,
נפתלי בנט, פיטר (יום ו', 17.7.15) את יו"ר המזכירות הפדגוגית במשרד החינוך, ד"ר ניר מיכאלי. מיכאלי שיגר הודעת דואר אלקטרוני שבה עדכן כי השר בנט הודיע לו שבכוונתו להפסיק את כהונתו לאחר פחות משמונה חודשים מאז שהחל אותה.
במייל ששלח מיכאלי, שמונה לתפקידו על-ידי שר החינוך הקודם,
שי פירון, הסביר כי החלטת בנט נובעת מרצונו של השר לאתר "דמות המזוהה עם דרכו ותפישתו האידיאולוגית".
יו"ר המזכירות הפדגוגית במשרד החינוך הוא התפקיד השלישי בחשיבותו במשרד החינוך - אחרי השר ומנכ"ל המשרד. בסמכותו לאשר את תוכניות הלימוד במערכת החינוך בישראל.
בקרוב צפוי בנט למנות גם מנכ"ל חדש למשרד החינוך במקום מיכל כהן שצפויה לסיים את תפקידה בחודש ספטמבר. שני שמות שעלו כמועמדים פוטנציאליים לתפקיד הם מנכ"ל המשרד לשירותי דת לשעבר,
אלחנן גלט, ומנכ"ל רשת אמי"ת, ד"ר אמנון אלדר.
ח"כ עיסאוי פריג' (מרצ) טען כי פיטוריו של יו"ר המזכירות הפדגוגית ניר מיכאלי, היא הוכחה נוספת לכך ששר החינוך בנט לא מעוניין במערכת חינוך, אלא במערכת "חינוך מחדש", כלשונו. לדבריו, השר בנט עושה כל שביכולתו בכדי להשתיק כל מחשבה שאינה מתיישרת עם דעות הימין הקיצוני והופך את משרד החינוך לסניף של
הבית היהודי ושל משנתו האידיאולוגית.
"הקורבנות של המהלך הינם התלמידים שבמקום ללמוד, עתידים לדקלם את דף המסרים של בנט, ובמקום לחשוב, עתידים לשנן את האחדות הרעיונית של הימין הקיצוני, שבינה לבין המציאות אין תמיד קשר", טען פריג'.