ניר חפץ נחקר ונעצר בתנאים קשים, והחוקרים נקטו נגדו "תרגיל חקירה פסול ואכזרי". נגד שלמה פילבר הופעל תרגיל חקירה פסול בדמות כליאתו בתנאי מעצר קשים וטרטורו בין בתי מעצר. כך טוענים (יום א', 13.9.20) פרקליטיהם של שאול אלוביץ ואיריס אלוביץ, עוה"ד ז'ק חן ומיכל רוזן-עוזר, בבקשה לגילוי חומרי חקירה שהגישו לבית המשפט המחוזי בירושלים בתיק נתניהו.

עוד נטען בבקשה, כי החוקרים ניסו לשבור את רוחו של אלוביץ "באמצעים פסולים וחמורים ביותר, במטרה לגרום לו להפליל את ראש הממשלה ואת עצמו". לדבריהם, בתיק החקירה יש אינדיקציות לכך שחומר חקירה רלוונטיים בעניינים מהותיים אלו - יחסם של החוקרים לשני עדי המדינה בתיק ולאלוביץ - לא נמסר להגנה, ו"הדבר דורש בירור וליבון יסודיים". חן ורוזן-עוזר טוענים, כי בפרשה זו היו "צעקות והשפלות קשות שחוו נחקרים וחשודים, טרטור עצורים בשעות לילה מאוחרות ולפנות בוקר השכם בין בתי מעצר, אי-מתן מענה רפואי הולם ומניעת שינה". לטענתם, החוקרים פעלו בצורה אכזרית ומתוך להיטות יתר.

בנוגע לחפץ - לשעבר דובר משפחת נתניהו - נאמר בבקשה, כי התרגיל הבלתי-חוקי היה עיכובה של מקורבת אליו ויצירת מפגש ביניהם במסדרונות להב 433. לפני מפגש זה, נאמר בבקשה, איים החוקר על חפץ בכך שעל ראשו תיפול פצצה העלולה להביא לפירוק משפחתו. המקורבת עברה "חקירה משפילה וחודרנית" לאחר שבביתה נערך "חיפוש שערורייתי" והיא נגררה לחקירה. לטענת ההגנה, "מהלך בלתי חוקי חמור ופסול זה, נועד ללחוץ על חפץ להפוך לעד מדינה". חפץ ועורך דינו ביקשו שהמידע בנושא זה לא יועבר להגנה ובקשתם נענתה, ואכן בחומרי החקירה אין תיעוד מלא ומסודר של המפגש בין חפץ לבין המקורבת.

לטענת ההגנה, לאחר אותו מפגש בין חפץ למקורבת, הותר לו להיפגש עם רעייתו, לה נאמר שהוא משוחרר והיא תוכל לקחתו לביתם - וזאת למרות שמעצרו הוארך. "הציפייה שהתבדתה, בעיקר שברון הלב שחווה העד מהמצוקה שחוותה רעייתו כתוצאה מתרגיל לא-אנושי זה, הביאה להתפרקות העד בחדר החקירות". זמן קצר לאחר מפגש זה הסכים חפץ להפוך לעד מדינה.

עוד מתייחסת הבקשה למסמכים נוספים הנוגעים לחפץ ואשר לטענת ההגנה לא נמסרו לה: נקודות למו"מ עימו, מזכר של חוקרת שהאזינה לשיחותיו, ומסמכים רפואיים היכולים לשפוך אור על מצבו הנפשי ועל הדרך בה ניצלו אותו החוקרים. בנוגע לפילבר (לשעבר מנכ"ל משרד התקשורת) מתייחסת הבקשה ל"אישור הלנה לעצור בתא מעצר", שלטענת ההגנה מהווה אינדיקציה ללחצים הבלתי-חוקיים שהופעלו עליו; ומסמכים בנוגע למו"מ עימו. הסניגורים גם מבקשים לקבל כעת את כל החומר החסוי שהגישה המשטרה לבית המשפט בדיוני המעצרים בפרשה.

ההגנה מבקשת לקבל גם מסמכים הנוגעים לאילן ישועה - לשעבר העורך הראשי של וואלה ומי שמהווה עד תביעה מרכזי בתיק 4000. היא מציינת, כי "מעמדו יהווה נושא חשוב במשפט" - רמז לטענה אפשרית לפיה ישועה הוא למעשה עד מדינה, למרות שהיה מקום לחוקרו באזהרה ולהעמידו לדין (לשיטת ההגנה). הסניגורים מבקשים לקבל את כל התיעוד של חילופי הדברים בין החוקרים לבין ישועה ומסמכים פנימיים של החוקרים בנוגע למעמדו.