תיק 4000 החל כחלק מחקירת פרשת בזק-yes ולכן לא היה כל צורך בקבלת צווי חיפוש נפרדים לצורך תפיסת חומרי חקירה שבדיעבד משמשים כיום במשפטם של בנימין נתניהו, שאול אלוביץ ואיריס אלוביץ. כך טוענת הפרקליטות (יום ג', 16.2.21), בתגובתה לבקשתם של השלושה לפסול מאות מסמכים והקלטות שנתפסו בשלב הראשון של החקירה. במקביל אומרת הפרקליטות, כי לינותיו של יאיר נתניהו במלון רויאל ביץ' בתל אביב הובילו במישרין לחקירה ובסופו של דבר לכתב האישום בתיק 1000.

לדברי הפרקליטות (בנוגע לתיק 4000), התיאור מצד סניגוריו של נתניהו ולפיו מדובר בשתי חקירות נפרדות "חוטא למציאות ויש בו משום מניפולציה של השתלשלות העניינים, על סמך בחינה בדיעבד". פרשת בזק-yes (בה הוגש כתב אישום נפרד נגד שאול אלוביץ ובכירים לשעבר בקבוצות יורוקום ובזק) עסקה בשלוש פרשות הנוגעות למכירת מניות yes מידי יורוקום של אלוביץ לבזק הציבורית. השלישית שבהן בחנה האם מנכ"ל משרד התקשורת דאז, שלמה פילבר, ביצע עבירות שחיתות כאשר העניק לבזק יחס מועדף. במסגרת חקירה זו ביקשה וקיבלה רשות ניירות ערך מבתי המשפט צווי חיפוש.

בחקירת פרשה זו, ממשיכה הפרקליטות, "התגלו ממצאים שהעלו את האפשרות, כי המניע לפעולותיו של פילבר במשרד התקשורת, היה קשור ליחסיהם של נאשם 1 [נתניהו] ונאשם 2 [אלוביץ]". באוקטובר 2017 אישר היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, לרשות ני"ע לחקור - במסגרת תיק בזק-yes - את החשד הזה, ועד פברואר היא עשתה זאת ובין היתר תפסה את הראיות בהן מדובר. כאשר התעורר חשד למתן שוחד לנתניהו, אישר מנדלבליט לחקור אותו באזהרה והחקירה הועברה לצוות חקירה מיוחד (צח"מ) של המשטרה ורשות ני"ע - אשר ביקש וקיבל בפברואר 2018 צווי חיפוש נוספים. רק עם תום חקירת תיק 4000 החליטה הפרקליטות להפריד את חומר החקירה הנוגע לנתניהו ואשר נאסף מאז יוני 2017 בנוגע לפעולותיו של פילבר.

עוד טוענת הפרקליטות, כי לא נפל כל פגם במעשי החוקרים וכי הם פעלו במדויק לפי הצווים שקיבלו. "בית המשפט לא הגביל את חוקרי הרשות לני"ע לבצע פעולות חיפוש בקשר לחשד לעבירות קונקרטיות מסוימות בלבד; ההגבלה היחידה הייתה, שהחיפוש ייעשה כדי לאתר ראיות הקשורות 'לחקירה'", היא אומרת. לדברי הפרקליטות, הבקשה לפסילת הראיות הוגשה מוקדם מדי ויש אפשרות להגיש אותה ולדון בה רק כאשר יוצגו ראיות ספציפיות לבית המשפט. לבסוף היא סבורה, כי אפילו אם נפל פגם (מוכחש) בצווי החיפוש - אין מקום לפסול אותן, משום שלא נגרמה עקב כך פגיעה כלשהי בזכויותיו של נתניהו.

הפרקליטות גם מבהירה כאמור כיצד התגלגלה החקירה בתיק 1000, בתגובה לטענת ההגנה לפיה מנדלבליט לא נתן את אישורו לחקירה כפי שקובע חוק יסוד הממשלה. לדבריה, בשנת 2016 אישר מנדלבליט לבדוק חשדות שונים נגד נתניהו בתחום טוהר המידות - "בעיקר בטענות לכך שנאשם 1 קיבל טובות הנאה פסולות מבעלי הון או עשה שימוש פסול בכוח השלטוני לשם הפקת טובת הנאה אישית". קיומה של החקירה פורסם ביולי 2016. לאורך הדרך התברר שאין יסוד או אין די ראיות לרוב החשדות; באותה עת גם לא היה מידע המצדיק את העמקת החקירה בנוגע ליחסיו של נתניהו עם ארנון מילצ'ן.

במקביל, ממשיכה הפרקליטות, הסכים מנדלבליט שהמשטרה תבדוק את קשריו של נתניהו עם ג'יימס פאקר, בחשד שהאחרון מימן את שהייתו של יאיר נתניהו במלון בתל אביב. לאחר תשאול עובדי המלון ונהגו של יאיר נתניהו, הסכים מנדלבליט שהמשטרה תתשאל את עוזריו של פאקר, הדס קליין ויונתן חסון, המועסקים גם בידי מילצ'ן. "תשאולים אלה, ובפרט אלה של הדס קליין, לימדו על כך שאנשי העסקים מילצ'ן ופאקר נותנים לנאשם 1 טובות הנאה באופן מאסיבי ושיטתי", ומכאן התגלגל תיק 1000.

החומרים שלא הבשילו הם המכונים "תיק 1000 הישן"; רק מה שהיה רלוונטי לתיק החדש הועבר אליו, מסבירה הפרקליטות. מנדלבליט אישר את הפעולות בתיק 1000 הישן, כמו גם את הפעולות שהפכו לתיק 1000 הנוכחי. לדבריה, הפרוטוקולים של הדיונים שערך מנדלבליט מלמדים שהוא ליווה את החקירה בצורה הדוקה, ירד לפרטים ונתן אישור לכל שלב בה. היא גם העבירה לעיונם של השופטים תכתובות פנימיות (שאינן חומר חקירה ולכן לא יועברו להגנה), שלדבריה מלמדות על אישורו לחקירת קליין ומילצ'ן.

בתגובה להודעת הפרקליטות בנוגע לתיק 1000 טוענת ההגנה, כי כעת ברור שתיק 1000 נפתח וברובו גם נחקר בלא הסכמתו של מנדלבליט. לדבריה, מנדלבליט לא אישר את החקירה ביוני וביולי 2016, כפי שטענה הפרקליטות, אלא רק לחקור אפיק נוסף הנוגע למימון שהותו של יאיר נתניהו במלון. עוד נאמר כי הפרקליטות עצמה טענה מספר פעמים שאין קשר בין "תיק 1000 הישן" לבין תיק 1000 - בעוד כעת היא טוענת את ההפך. לאור כל זאת, שבים הסניגורים ומבקשים לבטל את האישום בפרשה זו.