שלב ההוכחות במשפטו של ראש הממשלה, בנימין נתניהו, יחל ב-5 באפריל, דהיינו שבועיים לאחר הבחירות - קבעו (יום ב', 22.2.21) שופטי בית המשפט המחוזי בירושלים רבקה פרידמן-פלדמן, משה בר-עם ועודד שחם. במקביל דחו השופטים את בקשתו של נתניהו לבטל את כתב האישום נגדו.

נתניהו ותומכיו התנגדו בתוקף לתחילת ההוכחות לפני הבחירות וטענו שהדבר יהווה "התערבות גסה" במערכת הבחירות - למרות שהיה זה נתניהו שהקדים את הבחירות לכנסת ה-24, תוך ידיעה ששלב ההוכחות במשפטו עומד להתחיל. השופטים תכננו במקור להתחיל את ההוכחות כבר בחודש ינואר, אך הסגר ובקשות מקדמיות רבות של ההגנה - שחלקן הגיעו לבית המשפט העליון - מנעו מהם לממש זאת.

על-פי ההחלטה, שלב ההוכחות יתקיים בימי שני, שלישי ורביעי כל שבוע, מהשעה 09:00 ועד השעה 15:30. בפועל, צפויה ההגנה לבקש מדי פעם לקצר את הדיונים או לבטל את אחד הימים, בנימוק שלוח זמנים זה מקשה עליה להתארגן לחקירות הנגדיות. עד התביעה הראשון יהיה מנכ"ל וואלה לשעבר, אילן ישועה, שלטענת המדינה היה האדם העיקרי שמימש את דרישותיהם של נתניהו ושאול אלוביץ להתערב בתכני האתר. עדותו צפויה להימשך מספר שבועות.

נתניהו ביקש כאמור לבטל את כתב האישום, בנימוק שבשלושת התיקים לא ניתן מראש - כפי שקובע חוק יסוד הממשלה - אישורו של היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, לפתיחת הבדיקות והחקירות נגדו. הפרקליטות טוענת שמנדלבליט נתן את האישור כנדרש, גם אם לא בכתב אלא בעל-פה במהלך הישיבות שדנו בחקירות אלו. השופטים מסכימים עם ההגנה, כי באופן עקרוני ראוי היה שאישורו של מנדלבליט יינתן בכתב, משום שמדובר בהחלטה מינהלית ובמיוחד בשל חשיבות פתיחת חקירה נגד ראש הממשלה. "בית המשפט, בשורה של החלטות, ובאופן עקבי וסדור, קבע כי החלטת הרשות המינהלית, ובכלל זה של רשויות התביעה והיועץ, נדרשת להינתן בכתב תוך פירוט נימוקי ההחלטה... בנסיבות בהן ניתנה הסכמת היועץ, ככל שניתנה, על דרך של תיעוד האישור לפתיחה בחקירה בעניינו של הנאשם, עובר לפתיחתה, שלא בדרך של אישור בכתב, נפל פגם בהתנהלות היועץ", הם קובעים.

אולם, ממשיך בית המשפט, "כלל ידוע, כי לא כל פגם אשר נפל בהליך הפלילי יורד לשורשו ומצדיק את ביטולו של כתב האישום". אומנם היה מקום "ליתן הסכמה לפתיחה בחקירה על דרך של מתן אישור מפורש ובכתב, ומשלא נעשה כן, יש להצר על כך ולקוות כי מקרים דומים לאלה, לא יישנו. עם זאת, שוכנענו כי יש לבטל את האישומים, בשלב המקדמי של הדיון, בשים לב לגרסת היועץ במזכר ולתיעוד (המשתמע) העולה מהמסמכים, מאחר שמדובר בפגם פרוצדורלי שאיננו יורד לשורשו של עניין", קובע בית המשפט.

השופטים גם דחו בשלב זה את בקשת ההגנה לפסול את הראיות שלטענתה נאספו לפני קבלת אישורו של מנדלבליט. "לא שוכנענו כי יש להידרש לבקשה, לגופה, בשלב המקדמי של הדיון לקבוע ממצאים בעניינה בטרם נשמעו הראיות ונפרשה לפנינו התשתית הראייתית לביסוס האישומים, במלואה. את טענת הנאשם בדבר ביצוע מקצת מפעולות חקירה ללא אישור היועץ, לרבות בעל-פה, והנפקות העולה ממנה, באשר לראיות שהושגו מפעולות אלה, נדרש לברר בכור ההיתוך של ההליך הפלילי ולאחר שמיעת הראיות", הם אומרים.

פרידמן-פלדמן, בר-עם ושחם מוסיפים: "עם זאת, בסיום ההליך, נשקול אם קיימת הצדקה בנסיבות המקרה לפסול, מחמת היעדר קבילות, ראיות בתיקים 1000 ו-4000, ככל שייקבע כי פעולות חקירה בוצעו טרם מתן הסכמת היועץ, כפי שתועדה במסמכים או על-פי חומרי חקירה אחרים, לאור דוקטרינת הפסלות הפסיקתית, ועל-פי המבחנים שנקבעו בפסיקה לעניין זה, בין היתר לאור חומרת ההפרה – משקלן הסגולי של הראיות הפסולות, היחס בינן לבין הראיות הכשרות, ועוד".

השופטים דחו גם בשלב זה את בקשתו של נתניהו (אליו הצטרפו שאול אלוביץ ואיריס אלוביץ) לפסול מאות ראיות בתיק 4000. הטענה הייתה, כי הן הופקו שלא כחוק מן הטלפונים הניידים והמחשבים של כמה מן הנחקרים בפרשת בזק-yes, למרות שלא התבקשו וממילא לא הוצאו צווי חיפוש כאשר נוצר החשד נגד נתניהו ממנו הבשיל תיק 4000. בית המשפט אומר כי הבקשה מוקדמת מדי, שכן לא ברור אלו ראיות תבקש התביעה להגיש. "הגשת ראיות או פסילתן טעונה התייחסות נפרדת לכל אחת מהן, ובחינת קבילותה של כל ראיה שיש התנגדות להגשתה", הם אומרים. וגם אם נפל פגם באיסוף הראיות, יש לבחון האם הוא חמור די הצורך כדי לפסול אותן. משמעות ההחלטה היא, שצפוי עימות בעת הגשת הראיות במהלך המשפט, אם כי נטיית בתי המשפט כיום היא להתמקד יותר במשקל הראיה ופחות בקבילותה.

סניגוריו של נתניהו צפויים לבקש לאפשר לו להיעדר מן הדיונים ובית המשפט צפוי להיענות לבקשה, הן משום שנוכחות הנאשם אינה חובה מוחלטת (כמו בפתיחת המשפט, במענה לכתב האישום ובפסק הדין) והן משום שנוכחותו של נתניהו מצריכה סידורי ביטחון כבדים במיוחד המכבידים על כל באי בית המשפט.