משמר החופים של יפן הודיע (יום ב', 3.10.05) כי בבדיקות שערך עולה באופן וודאי כי אוניית המטען "צים אסיה" היא זו שפגעה בספינת הדייגים היפנית בצפון המדינה בשבוע שעבר, פגיעה שהביאה למותם של שבעה דייגים יפנים.
כחלק מחקירת התאונה נלקחו דוגמאות צבע מספינת הדייגים ומספינת צים ולדברי החוקרים, נמצאו עדויות לרסיסי צבע של "צים אסיה" על-גבי ספינת הדייגים "שינסאי מארו מס' 3". ביום א' הודיעו בצים, כי הם משתפים פעולה עם החקירה ובמידה ויתגלה כי הם אחראיים לפגיעה - ישאו בתוצאות. עתה מודה צים באחריותה לתאונה.
הודעה זו של צים באה לאחר הכחשה גורפת של החברה, שטענה כי לא פגעה בספינה היפנית. יו"ר צים, עידן עופר, הודיע כי בעקבות קביעת משמר החופים, הוא יגיש עוד היום (ב') לשגריר יפן התנצלות רשמית על הפגיעה בספינת הדיג היפנית. בשעות אחר-הצהריים הוא נפגש עם שגריר יפן בישראל והתנצל על התקרית. חברת צים נטלה את האחריות לפגיעה, אך בחברה מציינים, כי צוות הספינה לא הבחין בפגיעה ולכן המשיך בהפלגה ולא סייע לצוות ספינת הדיג.
בפגישה אמר עידן עופר, לשגריר: "אני מבקש להתנצל, זהו יום מאוד עצוב עבורנו. 7 ימאיי הספינה שינסיי מארו מס' 3 נספו ואנו מרכינים ראש לזכרם... צים והחברה לישראל מוסרות את תנחומיהן למשפחות ההרוגים ומאחלות לימאי הניצול Kaname Fujisato החלמה מהירה. אנחנו חוקרים את התאונה במלוא הרצינות והמרץ". עידן עופר הוסיף עוד, כי שר התחבורה, מאיר שטרית, שלח חוקר להונג קונג, וצים ביקשה שיצטרף לחקירה גם נציג מטעם משרד התחבורה היפני. "אנחנו נשתף פעולה באופן מלא עם ועדת החקירה היפנית, ונחלוק איתם את כל הממצאים והעובדות כפי שעשינו עד עכשיו. אנחנו מביעים מעומק ליבנו את התנצלותנו העמוקה ותנחומינו הכנים למשפחות השכולות ולעם היפני כולו."
בפגישה עם השגריר אמר עופר, כי משלחת של בכירים מצים נמצאת בדרכה ליפן. בראש המשלחת עומד מנכ"ל צים, דורון גודר. "עם הגעתם ליפן הם יכנסו מסיבת עיתונאים ולאחר מכן יבקרו בבתי המשפחות השכולות וימסרו להם את תנחומיהם. כמו כן יציע מנכ"ל צים סיוע כלכלי, במידת הצורך, למשפחות השכולות".
בתשובה לשאלה אמר עופר, כי הוא מאמין לרב החובל של צים אסיה שלא הרגיש בפגיעה, והוא בטוח כי אם היה מודע לה, היה עוצר את האונייה כדי להציל את הימאים. עם זאת, הוסיף עופר, "צריכה להתקיים חקירה מלאה ועפ"י ממצאיה ננהג ונישא באחריות".
שגריר יפן בישראל, Jun Yokota, אמר: "עידן עופר יו"ר צים ביקר אותי היום והתנצל והציע שיתוף פעולה מלא בחשיפת העובדות. מר עופר הצהיר שיעזור ככל הניתן למשפחות ההרוגים ולניצול. אמרתי לו שאני חושב שבמקרים אלה חשוב מאוד לגלות את העובדות".
בהודעה שהופצה באמצעות סוכנויות הידיעות הודיע מזכיר הממשלה היפנית, כי ממשלת יפן תבקש מישראל שיתוף פעולה בחקירת האירוע. כבר ביום א', הורה שר התחבורה, מאיר שטרית, לשגר ליפן ולדרום קוריאה חוקר של רשות הנמלים. בנוסף, גורמים רשמיים ביפן מסרו, כי הממשל דורש לקבל פיצויים בגין הפגיעה והריגת הדייגים וכן דרשו למצות את הדין עם האשמים.