המכינות התורניות הקדם צבאיות נחשבות, בצדק, כאחד המפעלים הראויים לשבח של החברה הציונית דתית. שנת ההכנה המוקדשת ללימוד, מילוי מצברים והתבגרות רוחנית לפני השירות בצה"ל הוכיחה את עצמה כרבת תועלת בהעלאת רמתם האישית והדתית של הבוגרים ובהכשרתם לשירות וקצונה.
אך כעת זימנה ההיסטוריה לראשי ורבני המכינות הדתיות רגע של הכרעה, שלא התכוננו אליו, וספק גדול אם יעמדו בו. משימת העקירה, גירוש המתיישבים היהודים והרס הישובים, עליה החליט שרון לפתע בניגוד להבטחותיו ולמנדט שניתן לו בבחירות, עומדת להיות מוטלת על כתפי חיילי צה"ל וקציניו, בתוכם רבים מבוגרי המכינות. אין ספק כי ביניהם קיימת הסכמה באשר לעוצמת ההרס והנזק שמהלך החורבן עלול ליצור; אך ביחס להתנהגות חיילי צה"ל מול פקודה כזו - שוררים בלבול ועמעום, שתוצאותיהם עלולות להיות גורליות.
לכאורה, היתה אמורה להיות תמימות דעים בענין. ההלכה פסוקה ברמב"ם (הלכות מלכים, פרק ג', הלכה ט') - “המבטל גזירת המלך בשביל שנתעסק במצוות, אפילו במצוה קלה-הרי זה פטור: דברי הרב ודברי העבד, דברי הרב קודמין. ואין צריך לומר אם גזר המלך לבטל מצווה, שאין שומעין לו". הרב אברהם שפירא, ראש ישיבת מרכז הרב והרב הראשי לשעבר, המהווה סמכות-על תורנית בכל מחנה הציונות הדתית, פסק כי עקירת יישוב אסורה כאכילת חזיר, ועל כל חייל שומר מצוות לסרב לה. היתה זו הזדמנות פז לכל רבני המכינות להתייצב מאחוריו, ולהודיע בפשטות - "אנו מקבלים כמובן מאליו את דברי הרב שפירא, ועל כן תלמידינו לא ישתתפו בפשע זה".
אמירה כזו היתה בולמת את המהלך כולו. בוגרי המכינות מהווים חוט שדרה מרכזי בסגל הפיקוד של צה"ל. הבהרה ברורה וחד משמעית (כמו שהשמיעו מנהיגי השמאל ביחס לגירוש ערבים) היתה מבהירה לשרון וחבורתו שמזימתם לא תצלח, והם היו מוצאים את הדרך לבטלה. אך כאן קרה דבר מפתיע: חלק ניכר מרבני המכינות העדיפו להעביר לתלמידיהם את המסר - "עליכם למלא פקודת הגירוש; אף אם אמנם בצער ובכאב, אך לבצע".
באמירה זו הם נטלו על שכמם אחריות גורלית. אם אכן צה"ל אכן יטול חלק פעיל ומרכזי בגירוש המתיישבים ובהחרבת היישובים, יעמיד הדבר בספק את עצם קיומו ויכלתו להמשיך לשאת על כתפיו את הגנת המדינה. צה"ל יהפוך מצבא הגנה לצבא החרבה - ויאבד את זכות קיומו ואת חוט השדרה המוסרי שלו. ההרס הנפשי שיגרם לחיילים עקב המשימה הבלתי מוסרית המחרידה אותה יאלצו לבצע - הינו בלתי הפיך; וההרס החברתי בתוך היחידות, מול המחזות הנוראים הצפויים, כאשר חלק מהחיילים מבצעים את המשימה, חלק מתחמקים, וחלק מסרבים, נשפטים ונכלאים - יהרוס את אחדות צה"ל כצבא העם, ויסכן אופן ממשי את קיום המדינה. ההכרעה כיום על עתיד קיומו של צה"ל ומדינת ישראל - בידי רבני המכינות.