ממלא-מקום ראש הממשלה ושר האוצר, אהוד אולמרט, ושר התחבורה, מאיר שיטרית, אישרו (יום ה', 6.4.06) את היקף תקציב הפיתוח של רכבת ישראל לשנים 2006-2011 על סך 25.9 מיליארד ש"ח.
התכנון המקורי עמד על 20 מיליארד ש"ח - 13.5 מיליארד מתקציב מדינה ו- 6.5 מיליארד ממקורות גיוס הון של חברת הרכבת שהחזרם ימומן מתקציב המדינה.
במשרדי הממשלה ציינו, כי התוספת בתקציב התכנון נובעת בעיקרה מחריגות מאומדני העלויות המקוריים, עידכון של מרכיבים בלתי צפויים מראש בתוך הפרויקטים ופרויקטים חדשים ובכלל זה, תוספת לציוד נייד של 2.2 מיליארד ש"ח, 0.5 למימון הפרדות מפלסיות, 0.4 מיליארד תכנון המסילה הרביעית והקו המזרחי, 0.3 מיליארד ש"ח הקמת מתחם תחזוקה לציוד נייד חשמלי, 0.3 מיליארד ש"ח לקידום זמינות קו הרכבת לאילת. ביצוע פרויקט קו עכו כרמיאל בהיקף של 1.5 מיליארד ש"ח יוקפא עד לסיכום פער המקורות.
קובי הבר, הממונה על התקציב במשרד האוצר, הסביר: "לאחר בדיקה התברר, שאפשרויות הגיוס העצמאיות, העומדות בפני חברת הרכבת, אינן כדאיות. אי לכך הוחלט על העמדת תקציב מדינה במקום גיוס הון על-ידי חברת הרכבת, שממילא החזרו היה ממומן מתקציב המדינה".
לוחות הזמנים לסיום הפרויקט נדחו מסוף שנת 2008 לסוף שנת 2011. לגבי המסילה הרביעית באיילון קבע אולמרט, שהממשלה תתקצב את תכנון הפרויקט, והוחלט כי התקצוב יעשה רק לאחר שתהיה הסכמה על מועד הביצוע הנדרש ועל עלות הפרויקט. אולמרט הבהיר, כי ההסכם עם הרכבת יהיה על-פי התוכנית שאושרה לעיל, וכל סוגיית ביצוע המסילה הרביעית תדון בממשלה בתום התכנון, ולא תהווה חלק מההסכם של הממשלה עם הרכבת.
הבר הוסיף כי "המקורות למימון התוספות בתוכנית ולהחלפת גיוס ההון החיצוני בתקציב מדינה הינם הארכת משך הפרויקט כאמור גם לשנים 2009-2011 - כ- 8.9 מיליארד ש"ח, ומקורות שמתפנים מתוך קרן המע"מ שבהסכם המקורי נקבע כי שימושה יסוכם בהמשך בהיקף של כ- 3.5 מיליארד ש"ח".
