אלמונים חיללו הלילה (ה', 4.5.06) את בית הכנסת הגדול ברחוב חובבי ציון במרכז פתח-תקוה. על ארון הקודש, בתוך ספר נביא, על הבמה ועל קירות בית הכנסת רוססו בספריי שחור כעשרים צלבי-קרס. תכולת הארונות נזרקה אל הרצפה ועל דלתות בית הכנסת נכתב השם: "היטלר", וחתימה של כת השטן. צוותי זיהוי פלילי הגיעו למקום, והמשטרה פתחה בחקירה. משטרת פתח תקוה חוקרת חשד, ולפיו מאחורי חילול בית הכנסת עומדים צעירים המזוהים עם ארגון ניאו-נאצי.

יו"ר הנהלת בית הכנסת, אברהם דולברג, אמר הבוקר לקול ישראל כי המתפללים שהגיעו הבוקר בשעה 4:30 לבית הכנסת מצאו אותו במצב זוועתי. "אנשים עמדו שם ופשוט בכו. דבר כזה עוד לא ראו ועוד לא שמעו. בית הכנסת רוסס מכל הצדדים - על כל הקירות - אין קיר אחד שהשאירו ריק מצלבי-קרס. זה דבר נורא מאוד".

על רצפת בית הכנסת רוסס צלב-קרס גדול ולידו נכתב "RAMSsT", שם של להקת רוק כבד גרמנית ו"היטלר". "חיפשנו אחר כך פינה להתפלל ולא מצאנו פינה אחת שאין בה צלבי-קרס; נאלצנו לצאת החוצה כדי להתפלל. הם ציירו על ארון הקודש, על ספרי הקודש, הם פתחו את ארון הקודש, הוציאו משם ספר נביא המשמש לקריאת ההפטרה, פתחו אותו וציירו על הקלף צלב-קרס", תיאר דולברג את שהתרחש.

בית הכנסת סובל לפעמים מפריצות, ולפני מספר חודשים פרץ אליו אלמוני והטיל את צרכיו ליד ארון הקודש. למקום הגיע הבוקר הרב שמעון סולומון, רבה של פתח תקוה, ואמר כי צריך לעשות עצרת-תפילה בנושא ולהקים קול זעקה, איך יכול כזה דבר להתחולל בישראל.

הרבנים הראשיים לישראל, יונה מצגר והראשון לציון שלמה עמאר, יגיעו לבית הכנסת הגדול בפתח תקוה, בו תתקיים הערב (ה') עצרת מחאה, לאחר שאלמונים חיללו את המבנה בצלבי-קרס והשחתת המבנה. בעצרת הזעקה והתעוררות אמורים להשתתף גם חברי מועצת הרבנות הראשית לישראל, ראש עיריית פתח תקוה, יצחק אוחיון, ורבני שכונות. הרב הראשי לישראל, יונה מצגר, הביע תדהמה וזעזוע מן המעשה, ואמר כי המעשה "מזכיר ימים אפלים יותר בהם חיללו בתי כנסת ברחבי אירופה". הוא הביע תקוה כי העומדים מאחורי המעשה ייתפסו וכי ימוצה עימם הדין.

גם הליגה נגד השמצה גינתה את המעשה. בהודעת גינוי שהוציא סניף הליגה בירושלים נכתב: "החילול והוונדליזם של בית הכנסת הם מעשה חולני, המעוות את הערכים האמיתיים של הדמוקרטיה ושל היהדות. התקפה אנטישמית מזויעה זו מגיעה רק שבוע לאחר ציון יום הזיכרון לשואה, ולמעשים שכאלה אין מקום בחברה דמוקרטית מתוקנת. יש לעקור תופעה זו מהשורש. הליגה נגד השמצה מחזקת את ידי המשטרה ובטוחה כי זו תניח את ידיה על המבצעים".

לפני כחודשיים ריססו אלמונים צלבי-קרס ו"מוות ליהודים" על קיר בית כנסת רמב"ם בשכונת כפר אברהם בפתח-תקוה. כתובות דומות רוססו על קיר של ישיבה בשכונה ובגן-ילדים.