האלוף גדי אייזנקוט ימונה למפקד פיקוד צפון במקומו של האלוף אודי אדם שהודיע על רצונו לפרוש מצה"ל. שר הביטחון, עמיר פרץ, אישר (ד', 27.9.06) את המלצת הרמטכ"ל, דן חלוץ, למנותו.
האלוף אייזנקוט המשמש כיום כראש אגף מבצעים, מחליף את האלוף אודי אדם אשר הודיע לפני יותר משבועיים (13.9.06) על רצונו לפרוש מצה"ל. מאז, עלו כמה שמות אפשריים להחליפו - ביניהם האלוף יואב גלנט והאלוף גדי אייזנקוט, שהיה מועמדו של הרמטכ"ל. ההחלטה למנותו באה לאחר חילוקי דעות בין שר הביטחון לרמטכ"ל. פרץ העדיף את האלוף גלנט, בעוד שאייזנקוט היה, כאמור, מועמדו של הרמטכ"ל. האלוף יואב גלנט יישאר בתפקידו כמפקד פיקוד דרום.
במהלך הלחימה בלבנון, הודיע הרמטכ"ל כי הוא ממנה את סגנו, האלוף משה קפלינסקי, לנציגו הבכיר בפיקוד צפון, וכי הוא יפעל מעל מפקד הפיקוד, האלוף אודי אדם. לצעד זה שהתבצע בעיצומה של לחימה היתה משמעות גדולה, שכן הרמטכ"ל אותת בזאת כי "האיש שלו" בפיקוד הוא קפלינסקי ולא האלוף אדם. צעד זה גרם לאלוף אדם לרצות לפרוש מצה"ל בהקדם האפשרי.
האלוף אייזנקוט החל את שירותו הצבאי בחטיבת גולני ובה ביצע תפקידי פיקוד השונים, ביניהם: מפקד פלוגת ה'עורב', מפקד גדוד 13 וסגן מפקד החטיבה.
בשנים 1993-1992 פיקד על חטיבת חיל רגלים במילואים, בשנת 1994 מונה למפקד החטיבה המרחבית אפרים, בשנים 1998-1997 פיקד על חטיבת גולני, בשנת 1999 מונה לתפקיד המזכיר הצבאי של ראש הממשלה ושר הביטחון.
בשנים 2003-2001 פיקד אייזנקוט על עוצבת "עמוד האש". ביוני 2003 מונה למפקד אוגדת יהודה ושומרון, בחודש יוני 2005 מונה האלוף אייזנקוט לראש אגף המבצעים, בו שימש עד היום.
האלוף גדי אייזנקוט הוא בן 46, בוגר תואר ראשון בהיסטוריה כללית באוניברסיטת תל אביב ובוגר המכללה ללימודי צבא וביטחון בארצות הברית. הוא נשוי ואב לחמישה.
