כבר ארבע שנים עומדת סוגיית הנחלות הפנויות במושבים לדיון במינהל מקרקעי ישראל. באפריל 2003, קיבלה הנהלת המינהל החלטה להקפיא את איוש הנחלות הפנויות במושבים, למעט ישובי קו העימות, עד לקביעת מדיניות של מועצת מקרקעי ישראל בנושא. ההחלטה התייחסה למושבים שלא השלימו את איוש מלוא הנחלות שהוקצו להם, ומנעה מהם לקלוט חברים חדשים לאותן נחלות. ההחלטה גרמה לפגיעה קשה בקליטת חברים חדשים בישובי הפריפריה.
כעת קיבלה מדיניות המינהל מכה קשה - בית המשפט המחוזי בנצרת החליט ביום 7.12.06 לפסול את החלטת המינהל למנוע ממועמד לנחלה במושב אלמגור להשלים את הליכי הקצאת הנחלה. התושב, בן הגיא דקל, ביקש לקבל נחלה בהתאם להחלטת המושב לאפשר לכל בית אב לקבל "בן חוזר". השופטת נחמה מוניץ קבעה שהמינהל הפר את חובת ההגינות המוטלת עליו במקרה זה. התובענה הוגשה לבית המשפט באמצעות עו"ד יוסף ג'רסי ממשרד עוה"ד ח. וע. נועם ושות'.
השופטת מוניץ מתחה ביקורת נוקבת על המינהל בקבעה, כי במדיניות המינהל יש הצטברות של מספר פגמים ממשיים ובעיקר הפגם בדבר חוסר סבירות ההחלטה לשלול מן המבקש את סיום הליכי ההקצאה, בלא שיש לכך בסיס מנומק כלשהוא ולמרות שהמבקש סיים את כל ההליכים. לדבריה, פגמים אלה מובילים מן הפן הציבורי ואינטרס הצדק החברתי, ותקינות ההליך המינהל, לתוצאה האחת והיחידה והיא כי ההחלטה של המינהל תבוטל לאלתר. השופטת קבעה שהמינהל יסיים את הליכי ההקצאה באותם תנאים לפיהם החלה ההקצאה, ובאותם תנאים בהם הוקצו הנחלות לאחרים.
לפי השופטת, המינהל פועל כאורגן של המדינה, וכשלוחם של הבעלים והרשאתו מוגבלת לניהול קרקעות. כשלוח, עליו לפעול בנאמנות ולא לחרוג מתחום הרשאתו. השופטת ציינה, כי על המינהל חלה דואליות נורמטיבית, קרי חיובים החלים הן על המשפט הפרטי והן על המשפט הציבורי. עם זאת, ציינה שהמבקש אינו יכול להשתמש בטענה כי יש להקצות לו נחלה בשל כך שהמינהל המשיך בהקצאת נחלות פנויות למתיישבים אחרים מתוך טעות, שכן סבר שהמושב איננו בתחום ההקפאה.
בפסק דינה קבעה, כי בן הגיא הסתמך על פעולות המנהל שנעשו גם לאחר שנתגלתה הטעות, וכי המינהל לא נתן הצדקה מדוע לא תסתיים ההקצאה. נימוקי המינהל התבססו על מסמך אחד שלא הוגש לו, למרות שהוא כבר היה מצוי ברשותו. לפיכך קבעה השופטת כי המינהל חרג ממתחם הסבירות וכי החלטתו היא הפרה בוטה של החובה לפעול בהגינות. טעמים אלה, לדבריה, "מעלים תמיהה קשה באשר לאופן קבלת ההחלטות והעדר ההנמקה."
בארי הולצמן, יו"ר עמותת אדמתי, המייצגת 140 קיבוצים ומושבים במאבק על זכויותיהם בקרקע, ברך על הפסיקה ואמר שהמינהל מנהל כבר מספר שנים מלחמה בהתיישבות בפריפריה, וזאת בלי שום הגיון ותוך פגיעה באינטרס הלאומי של הרחבת הישובים. הולצמן אמר כי "טוב עושים בתי המשפט שבמספר נושאים שהובאו בפניהם הם מחזירים בצורה עקבית את ההיגיון למדיניות המקרקעין של מדינת ישראל".
לדברי עו"ד יוסף ג'רסי, פסק הדין הינו בעל חשיבות מרובה וכבדת משקל בסוגיית הקפאת איוש הנחלות בכל רחבי הארץ, ויש בו משום ביקורת נוקבת על החלטת הנהלת המינהל להקפיא את איוש הנחלות בארץ. "חשוב שהציבור שנפגע ממדיניות המינהל ידע שיש לו אפשרות להגן על זכויותיו בבית המשפט".
