התנועה לאיכות השלטון פנתה (ד', 3.1.07) למבקר המדינה וליו"ר מועצת הרשות השנייה בדרישה לבדוק מדוע לא שודרה עוד בשנת 2005 כתבת יומן בערוץ 2 על רפי רותם אשר התריע כדין על חשדות הנוגעים לבכירים בצמרת המכס והמע"מ.
במכתבה מציינת התנועה לאיכות השלטון כי בחודש ספטמבר 2005 צולמה ליומן שישי של ערוץ 2, כתבה שעסקה בחושף השחיתות רפי רותם אשר התריע כדין וכנדרש מעובד ציבור על חשדות חמורים הנוגעים לבכירים בצמרת אגף המכס והמע"מ, ובכלל כך התריע על חשד לכאורה להתנהלות בלתי תקינה של ממונים עליו ועל ליקויים קשים לכאורה במערכת, בקשר להדלפה של חקירות המתנהלות בפועל וחקירות עתידיות, כמו גם על קשרים של עובדים בכירים באגף המכס עם עבריינים מוכרים.
בתנועה לאיכות השלטון טוענים כי כתוצאה מכך סבל רותם מהתנכלות פורמלית ובלתי פורמלית מצד הממונים עליו כנגדם התריע, אשר באה לידי ביטוי, בין היתר, בשינוי מגמתי של חוות דעת, מחוות דעת מצויינות טרם החשיפה לחוות דעת בעייתיות לאחריה; שליחתו של מר רותם לבדיקה פסיכיאטרית; פתיחת תיקים במשטרה באמתלות שונות אשר נסגרו כולם מחוסר אשמה; עד כדי ההחלטה להעבירו לתפקיד אחר ביחידת הפירוקים של המכס ברמלה אשר אינו הולם את כישוריו וניסיונו ועוד.
בכתבה רואיינו נציגי התנועה לאיכות השלטון המטפלת במקרה.
בקיץ 2005, הכתב ארז רותם, עבד על כתבת תחקיר גדולה שעסקה בכל הפרשה הזו, במסגרת יומן שישי של ערוץ 2. "ככל הידוע לנו, הכתבה צולמה, נערכה והיתה מוכנה לשידור, אף נקבע מועד שבה אמורה היתה הכתבה להיות משודרת. ברם, מסיבות ומניעים המעוררים סימני שאלה משמעותיים, צונזרה הכתבה ומעולם לא הועלתה לשידור. ניסיונותינו לברר בזמנו מדוע צונזרה הכתבה, לא צלחו, אך העלו את החשד כי גורמים בכירים שונים הפעילו לחצים כבדי משקל כנגד שידור הכתבה", נמסר מהתנועה לאיכות השלטון.
לאור הפרסומים מהימים האחרונים הנוגעים לחשדות החמורים לכאורה כנגד בכירי רשות המס, מבקשת התנועה לבדוק: האם אכן הופעלו בזמנו לחצים על עורכי יומן שישי שלא לשדר את הכתבה; האם גורמים בכירים מרשות המיסים היו מעורבים בלחץ שלא לשדר את הכתבה ואם כן מי היו אותם גורמים וכיצד באה להיות ביטוי מעורבותם; ומה היו הסיבות האמיתיות לצנזור הכתבה.