בבג"צ חשים חוסר נוחות נוכח קריאתו של היועץ המשפטי לממשלה לרב הראשי לישראל להתפטר. קריאתו של מני מזוז לרב יונה מצגר באה לפני חודשים אחדים, כאשר מזוז מודיע על כך שתיק החקירה נגד הרב מצגר בפרשת האירוח בבתי מלון נסגר. להודעתו הוסיף מזוז גם חלק שאינו פלילי ובו הוא ממליץ לרב מצגר להסיק מסקנות אישיות ואף הוסיף המלצה לשר המשפטים לשקול את הדחתו של הרב הראשי לישראל.
הרב מצגר עתר לבג"צ (26.4.06) נגד מזוז ודרש לבטל את הפרק "הלבר פלילי" בדוח שפירסם היועמ"ש בפרשת האירוח של מצגר בבתי מלון שונים בבירה. בעתירתו, טען מצגר, כי: "עצם פרסום הדוח גרם נזק לשמו הטוב, לכבודו ולתדמיתו הציבורית, וזאת למרות שלא ניתן לו כל שימוע".
עורך דינו של מצגר, פרופ' ליבאי, אמר אז, כי "פגיעה בשמו הטוב של אדם, תוך קביעה של היועץ המשפטי לממשלה שאותו אדם שנבחר לתפקידו איננו יכול להמשיך עוד בכהונתנו, ללא מתן זכות שימוע, מהווה דריסה של כללי הצדק הטבעי ופגיעה באחד מעקרונות היסוד של כללי המשפט המנהלי".
נציגיו של מזוז הסבירו היום (א', 7.1.07) לשופטים כי אין מדובר בקביעה של היועמ"ש אלא בהמלצה לשר, ומכאן שבשלב זה אין מקום למתן שימוע, אלא בשלב מאוחר יותר.
אולם חמשת שופטי בג"צ ובראשם נשיאת בית המשפט העליון דורית ביניש סברו כי היועץ המשפטי היה צריך להסתפק רק בנקיטת הליך מנהלי או משמעתי, ולא לשלב קריאה או למעשה קביעה או מסקנה שעל הרב מצגר להתפטר. בכך, אמרו השופטים, לא הותיר מזוז מרחב לשיקול דעת של שר משפטים.
הנשיאה ביניש אמרה, כי מדובר בנושא בעייתי, ולא צריך לרתום את העגלה לפני הסוסים, ואילו באמת היתה כאן הצעה או המלצה בלבד היה יכול מזוז לקרוא לרב הראשי לישראל ולהציע לו להתפטר, מבלי לכתוב זאת בחוות הדעת שהוציא מתחת ידיו. השופטת אילה פרוקצ'יה הקשתה בדיון האם כאשר עובד מדינה רגיל מועמד לדין משמעתי, ממליץ לו היועץ המשפטי לממשלה להתפטר מיד מתפקידו, מבלי להמתין לתוצאות ההליך המשמעתי.
בדיון התנגד פרקליטו של הרב מצגר, דוד ליבאי, למחיקת שורה אחת מהחלטת היועמ"ש וביקש למחוק את כל ממצאיו של מזוז, אולם בסופו של דבר הסכימו הצדדים לקבל את החלטת בית המשפט העליון לנסות ולהגיע להסדר על ניסוח אחר, כדי שלא יהיה צורך בכתיבת פסק-דין. בג"צ הקציב לטובת העניין שלושה שבועות.
