בשנת 1999 מונה הרצוג לתפקיד מזכיר הממשלה בממשלת ברק וכיהן בתפקידו זה עד שנת 2001. בעקבות מערכת הבחירות, שהתקיימה בשנת 1999 נחקר הרצוג בחשד למעורבות בפרשת עמותות ברק, שעניינה עבירה על חוק מימון מפלגות. בדוח
מבקר המדינה, שהביא לפתיחת חקירת משטרה, נכתב כי הרצוג ניתב חלק מכספי קרן פילנתרופית, שהקים אוקטב בוטנר לזכר בתו, אל עמותות התומכות באהוד ברק. במהלך החקירה השתמש הרצוג בזכות השתיקה.
בשנת 2003 הודיע היועץ המשפטי לממשלה על סגירת התיק נגדו, מחוסר ראיות ולא מחוסר אשמה. בחודש 2015, לאחר שגינה ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג החלטתה של ח"כ לשעבר פאינה קירשנבאום לשתוק בחקירתה, נמתחה ביקורת על ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג, על כך שהוא עצמו שתק בחקירתו במשטרה בחשד למעורבות בפרשת עמותות ברק. בתגובה לכך אמר הרצוג: "היום הייתי נוהג אחרת".
בחודש אפריל 2016 נחקר ח"כ הרצוג באזהרה, בחשד לפיו הוא עבר על חוק מימון מפלגות כאשר התמודד ב2013 בפריימריז על ראשות מפלגת העבודה אל מול ח"כ
שלי יחימוביץ', בכך שמטהו קיבל שלא כחוק 40 אלף שקל.
בחודש ינואר 2017 החליט היועץ המשפטי לממשלה, ד"ר
אביחי מנדלבליט 'לסגור תיק החקירה שהתנהל נגד ח"כ הרצוג, בשל "העדר ראיות מספיקות". סגירת תיק החקירה הפלילי נגד ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג, לוותה בביקורת של היועץ המשפטי לממשלה, לפיה הגרסה שמסר ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג, בחקירתו במשטרה, אינה עולה בקנה אחד עם חומר הראיות. היועץ המשפטי לממשלה, החליט באותו מעמד או סמוך לו להעמיד לדין מנהל הקמפיין של הרצוג, שמעון בטאט ומי שנתן תרומה לח"כ הרצוג, איש העסקים, גלעד רמות, בכפוף לאפשרות שימוע לשניים אלה.
כעת לאחר שהתקיים הליך השימוע לבטאט ולרמות הודיעה הפרקליטות, כי היא תעמיד לדין פלילי ראש מטה הבחירות של ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג, שמעון בטאט, בגין מעורבותו בפרשת התרומה האסורה להרצוג בפריימריז לראשות מפלגת העבודה בשנת 2013. הודעה זהה נמסרה, מטעם הפרקליטות, לאיש העסקים גלעד רמות, שהעניק התרומה למטה הבחירות של ח"כ הרצוג, בגובה של 40 אלף שקל.
כזכור כפי שמדווחת הבוקר העיתונאית, רויטל חובל ב
הארץ בחודש ינואר 2017, החליט היועץ המשפטי לממשלה, ד"ר אביחי מנדלבליט לסגור התיק נגד מקבל התרומה, ח"כ הרצוג, בנימוק של חוסר ראיות מספיקות, לאחר שלא נמצאו ראיות שמלמדות כי הרצוג היה מודע לתרומה האסורה.
התרומה התקבלה מטעם תאגיד בבעלות רמות בשם RPM, שעה שחוק מימון מפלגות אוסר על קבלת תרומות מטעם תאגידים. תרומה זו נועדה לממן קמפיין מכפיש נגד שלי יחימוביץ', שהתמודדה נגד הרצוג לראשות המפלגה. כמוכן, תרומה זו לא נרשמה ולא דווחה למבקר המדינה. הפרקליטות הציעה לבטאט ורמות הסדר טיעון, לפיו יודו באישום של אי-דיווח למבקר המדינה בלבד. השניים בוחנים ההצעה.
לטענת הפרקליטות, הרי שמעון בטאט שלח רמות לתת הכסף לעורך הדין
דניאל כהן, פעיל מפלגת העבודה, שחשף הפרשה בראיון בעיתון
ישראל היום, לפני הבחירות הכלליות שהתקיימו, בשנת 2015. איש העסקים, רמות כפר בטענה שתרם את הכסף לקמפיין להכפשת יחימוביץ' וטען כי מדובר בשכר טירחה ששילם לכהן עבור שירות משפטי שסיפק לו. עם זאת, רמות לא ידע להצביע על איזה שירות משפטי בדיוק קיבל מכהן. כהן הכחיש שהעניק שירות משפטי כלשהו לרמות ושהכסף הועבר לו בהמשך לסיכום עם בטאט, כתשלום עבור הקמפיין השלילי.
עורך דינו של בטאט,
ירון לונדון, מסר "להארץ" כי מרשו לא יגיב בשלב זה. עורך דינו של רמות, דניאל חקלאי, מסר כי: "מר רמות הוא איש עסקים מוערך ששילם בשנת 2013 שכר טירחה לעורך דין תמורת ייצוג משפטי בתחום חברות הסיעוד (שהינו אחד התחומים בהם עוסק מר רמות). הוא לא ידע שהסכום ששולם יהפוך לתרומה אסורה לקמפיין הבחירות של מר
יצחק הרצוג לראשות מפלגת העבודה. נכון שמר רמות תמך במועמדות מר הרצוג לראשות המפלגה בשנת 2013 כאשר נערכה התמודדות על תפקיד היושב-ראש בין מר הרצוג לבין חברת הכנסת שלי יחימוביץ'. עם זאת, הוא מכחיש שתרם תרומה אסורה, הוא מכחיש שביצע עבירה פלילית כלשהי והוא מתכוון לכפור באשמה במסגרת משפטו הפלילי".
ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג מכהן בתפקיד ראש האופוזיציה והוא מכהן כחבר כנסת, מטעם מפלגת העבודה החל משנת 2003. הוא כיהן כשר בממשלות ישראל. כאשר עד לאחרונה כיהן הוא בתפקיד יו"ר מפלגת העבודה. ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג, שהינו עורך דין במקצועו, יודע או אמור לדעת, כי סגירת תיק חקירה פלילי בנימוק של העדר ראיות מספיקות, בצירוף מתיחת ביקורת של היועץ המשפטי לממשלה, בד-בבד עם סגירת תיק החקירה, כי הגרסה שמסר הוא, בחקירתו במשטרה, אינה עולה בקנה אחד עם חומר הראיות, אינה מחמיאה לו בלשון המעטה. רק סגירת תיק חקירה פלילי, בנימוק של חוסר אשמה, מהווה זיכוי מוחלט.
אם אין מתכוון ח"כ יצחק (בוז'י) הרצוג לחבל במודע או שלא במודע בסיכוייה של מפלגת העבודה או בסיכוייה של שותפתו הפוליטית, במסגרת "
המחנה הציוני", ח"כ
ציפי לבני, לחזור לשלטון, מוטב יתפטר מיוזמתו הוא מהכנסת ויפה, יפה שעה אחת קודם. כל אמירה נוספת מיותרת.