כליאת אויביו ומתנגדיו ההולכים ומתרבים של המשטר הנאצי - האמיתיים והמדומים כאחד - לא יכלה להימשך בצורה מאולתרת וחובבנית-למחצה, כמו בכלא של הס"א ברחוב גנרל פאפה. כבר בשנת 1933 הוקם מחנה הריכוז דכאו, שמפקדו תיאודור אייקה הפך אותו לדוגמה לכל המחנות העתידיים.
מחנה הריכוז העיקרי באזור ברלין היה זַקְסֶנְהָאוּזֶן בשכונת אוֹרַנְיֶנְבּוּרְג, 25 ק"מ מצפון-מזרח למרכז העיר (וכשעה נסיעה ברכבת העירונית). הוא הוקם בשנת 1936, ועד סיום המלחמה נכלאו בו 200,000 בני אדם. מספרם (כולל במחנות המשנה) הגיע לשיא של 70,000 בפברואר 1945, ובהם 10,983 יהודים - בעיקר פולנים והונגרים שהועברו בצעדת מוות ממחנה אושוויץ לפני שחרורו בסוף ינואר.
זקסנהאוזן לא היה מחנה השמדה, אך רבבות מאסיריו מתו - חלקם בשל התנאים הקשים, חלקם ברצח ישיר. במחנה היה אתר הוצאות להורג, ולא הרחק ממנו נרצחו 18,000-13,000 שבויים סובייטיים במחצית השנייה של 1941. בשנת 1943 הותקן במחנה תא גזים, אך הפעלתו הייתה כפופה להוראה מפורשת. זו ניתנה כנראה בפברואר 1945, ערב פינויו של המחנה, כאשר אנשי הס"ס רצחו אלפי אסירים תשושים שלא יכלו לצאת לצעדת המוות (המונצחת לא הרחק מן הכניסה למחנה).
במחנה זה הוחזקו לאורך השנים גם כמה אסירים ידועים, כגון ראש ממשלת צרפת לשעבר, פייר ריינו; הכומר מתנגד המשטר מרטין נימולר; קנצלר אוסטריה לשעבר, קורט שושניג; הרשל גרינשפן, שהתנקשותו בדיפלומט גרמני בפריז הייתה התירוץ לליל הבדולח; והצנחן הארצישראלי פרץ גולדשטיין. באחת האירוניות היותר-מוזרות של תולדות השואה, עציר נוסף היה מרטין לותר - תת-מזכיר המדינה במשרד החוץ הגרמני, אשר נעצר בשל נסיונו לחתור תחת השר, יואכים פון-ריבנטרופ. בשל מעצרו של לותר, איש לא דאג להשמיד לקראת סיום המלחמה את המסמכים שהוחזקו במשרדו, וכך נתפס במלואו התיק בנוגע לטיפול ביהודים - ובו העותק היחיד של פרוטוקול ועידת ואנזה ששרד.
לאחר ליל הבדולח (נובמבר 1938) הובאו לזקסנהאוזן 1,800 אסירים יהודים; 450 מהם נרצחו לאחר זמן קצר. רוב האסירים היהודיים נכלאו, עד לתחילת הגירושים לאושוויץ באוקטובר 1942, בצריפים 38 ו-39. הם הוחזקו בתנאים קשים במיוחד וסבלו מדי יום מהשפלות והתעללות, והתגברות האנטישמיות עם פרוץ המלחמה הובילה להקשחה רבה עוד יותר. רוב היהודים הוחזקו במחנה הראשי ובמחנות המשנה במשך עד שנתיים, והועבדו בפרך כמו האסירים האחרים. חלקם הועסקו ביחידות שעסקו במיון הרכוש שנשדד מקורבנות השואה במזרח אירופה, ואילו משנת 1944 נשלחו לזקסנהאוזן גם אסירים יהודיים ממחנות אחרים לצורך עבודות פרך בתעשיית החימוש.
ב-18 במאי 1942 תקפו פעילים קומוניסטים את התערוכה האנטי-בולשביקית "גן העדן הסובייטי" שהוצגה בברלין. התוקפים נעצרו בידי הגסטפו לאחר זמן קצר, והתברר שחלקם היו ממוצא יהודי. בתגובה הורה מפקד הס"ס, היינריך הימלר, לרצוח "בני ערובה יהודיים". ב-28 וב-29 בחודש נרצחו בזקסנהאוזן 250 יהודים - 96 שכבר היו אסירים בו ו-154 מבני הקהילה היהודית בברלין שנעצרו בידי הס"ס לאחר ההתקפה על התערוכה.
בשלהי 1992 ביקר במחנה ראש הממשלה דאז,
יצחק רבין. זמן קצר לאחר מכן הוצתו צריפים 38 ו-39 על-רקע אנטישמי. התצוגה בשני הצריפים שוחזרה: בצריף 38 על היהודים במחנה ובצריף 39 על חיי היום-יום בו. בין היתר, מונצחים בה אחדים מבין האסירים היהודיים: הציירת שרלוטה סלומון, שציוריה פורסמו בספר "חיים או תיאטרון?"; היינץ וולמן, שנעצר בגיל 18 לאחר ליל הבדולח, שוחרר כעבור ארבעה חודשים ועלה ארצה; סלומון ויינטראוב, אשר נעצר לאחר פרוץ המלחמה בשל אזרחותו הפולנית ומת במחנה לאחר חמישה חודשים; עורך הדין המוביל יוליוס זליגסון, אשר נעצר בנובמבר 1940 בשל קריאה למחאה נגד שיגור יהודי העיר באדן למחנה גירס שבצרפת ונספה ב-1942; והאחיות מגדה פודור ואילונה פודור מהונגריה, אשר הועברו מאושוויץ לאחד ממחנות המשנה של זקסנהאוזן והצליחו לשרוד את צעדת המוות בסיום המלחמה.
מחנה זקסנהאוזן שוחרר בידי הצבא האדום ב-22 באפריל 1945, ועד מהרה הפך לבית כלא סובייטי. הכובשים החזיקו בו עד 1950 פעילים נאצים לשעבר, וגם מתנגדים לשלטון הקומוניסטי ואף מי שנעצרו ללא סיבה; הרוצה יוכל לראות בכך עוד נקודת דמיון מצמררת בין משטר הדיכוי הנאצי לבין זה הקומוניסטי. ב-1961 נפתח במקום אתר הנצחה, הכולל את האנדרטה המרכזית הניצבת בו עד היום. בהתאם לתפיסה הסובייטית, אין בה מילה וחצי מילה על הקורבנות היהודיים של המחנה. הסובייטים ציינו קורבנות לפי השתייכות מדינית ולא לפי השתייכות לאומית, ותוך כמובן תוך התעלמות מכוונת מגורלם הייחודי של היהודים. למרבה הצער ואף התמיהה, העיוות הזה ניצב על עומדו גם 30 שנה לאחר איחוד גרמניה.
