בניגוד לתכנון המוקדם לא הצביעה מליאת הכנסת (ג', 8.1.08) על הקמתו מחדש של משרד הדתות. חברי ישראל ביתנו אשר הכריזו כי יצביעו נגד החלטת הממשלה מיום ראשון והכרזתו של יו"ר סיעת העבודה, ח"כ איתן כבל כי אם ההצעה תגיע להצבעה במליאה, יצביעו חברי הסיעה נגד. וכך, יחד עם התנגדות הליכוד החליטו בקואליציה לדחות את הצבעה למועד לא ידוע.
למרות זאת, בקואליציה לא מתייחסים להחלטת סיעות העבודה וישראל ביתנו בתחילת הסוף לשיתוף הפעולה בין סיעות הקואליציה. "מדובר בעניין ספציפי למשרד הדתות שאנו מתנגדים לנושא", אמר גורם בסיעת העבודה. "יו"ר הקואליציה החליט שלא להעלות את הנושא כי ידע שאין לו רוב אך אין מדובר במלחמה בתוך הקואליציה".
בכיר בקואליציה מסר כי "אכן המצב לא נעים אבל מדובר בפעולה נקודתית ואין משבר בקואליציה. השינוי שאנו מבקשים לעשות אינו מהותי, אך יכול להיות שהעיתוי של עשיית השינוי אינו נכון, בעיקר מבחינה ציבורית ולכן נעשה נזק לשותפות קואליציוניות".
יו"ר סיעת הליכוד, ח"כ גדעון סער, אמר בעקבות דחיית ההצבעה כי "הליכוד משרת את העם באופוזיציה והוא אינו קבלן המשנה לביצוע עסקות ה'קח תן' של אולמרט".
ההחלטה להקים מחדש את משרד הדתות גררה תגובות קשות במערכת הפוליטית. ח"כ אופיר פינס (עבודה) אמר כי "חולשתו הפוליטית של אולמרט גורמת לו להשיג את מדינת ישראל שנים לאחור. אין מדינה דמוקרטית אחת בעולם בה יש משרד דתות. ההפרדה בין דת ומדינה היא עיקרון בסיסי בכל דמוקרטיה, ורק אצלנו חוזרים לתקופות אפלות".
יו"ר סיעת מרצ-יחד, ח"כ זהבה גלאון טענה כי הקמת המשרד היא "נתינת אתנן פוליטי לשס על-מנת לאפשר שקט תעשייתי לקראת פרסום דוח וינוגרד. משרד הדתות משמש מקור לתקציבים ולג'ובים המבקשים להמשיך ולרפד את מנגנוני שס כדי למנוע זעזוע קואליציוני".
